Diplomová práce

Strukturní studie platinovaného DNA hairpinu pomocí NMR spektroskopie a výpočetních metod

Structural studies of platinated DNA hairpin using NMR spectroscopy and computational methods

Bc. Eliška Šmiřáková, učo 269953
Anotace

Cílem této diplomové práce je strukturní studie interakce DNA hairpinu (vlásenkové struktury) s jedním z derivátů cisplatiny. Cisplatina je protirakovinný lék, široce používaný v léčbě rakoviny varlat, přičemž jeho účinnost je asi 95% u diagnostikovaných případů. Úspěch cisplatiny a skutečnost, že léčba touto protinádorovou látkou je doprovázena různými nepříznivými vedlejšími účinky, vedla k hledání …více

Abstract

The aim of this master thesis is to investigate the structure of DNA hairpin crosslinked with one of the cisplatin derivatives. Cisplatin is an anti-cancer drug, widely used in the treatment of testicular cancer, while the efficiency is about 95% of diagnosed cases. The success of cisplatin and the fact, that the treatment with this anti-tumor agent is accompanied with various side-effects, have led …více

Klíčová slova
Cisplatina RR-DACH DNA spektroskopie nukleární magnetické rezonance Nukleární Overhauserův efekt (NOE) výpočty molekulární dynamiky. Cisplatin nuclear magnetic resonance spectroscopy Nuclear Overhauser effect (NOE) molecular dynamics simulations
Zadání práce
Cisplatina a její deriváty patří při léčbě rakoviny k nejpoužívanějším a nejúčinnějším léčivům. Jejich interakce s nukleovými kyselinami je dlouhodobě velmi zajímavým vědeckým problémem a i přes množství dostupných dat je stále mnoho faktorů této interakce, které nejsou zcela zřejmé a je třeba je hlouběji prostudovat.

Úkolem diplomanta/ky bude pomocí experimentálnich dat z nukleární magnetické rezonance (NMR) a pomocí výpočtu za použití programu Amber a XPLOR-NIH sestavit model cisplatinovaného DNA-hairpinu a identifikovat klíčové faktory ovlivňující výslednou strukturu a ověřit stabilitu modelu pomocí výpočtu molekulové dynamiky.

Při vypracování práce se student/ka seznámí s moderními metodami zpracování a analýzou NMR spekter. Dále bude náplní práce příprava modelu pro výpočty molekulové dynamiky a způsoby vyhodnocování vypočtených dat.

Pro úspešné zvládnuti výše uvedeného bude student/ka rovněž používat programy pro zobrazování a analýzu molekulových 3D- modelů jako jsou PyMOL, MolMol, VMD a pod.

Reference:

  • C.D. Schwieters, J.J. Kuszewski, N. Tjandra and G.M. Clore, "The Xplor-NIH NMR Molecular Structure Determination Package," J. Magn. Res., 160, 66-74 (2003).
  • C.D. Schwieters, J.J. Kuszewski, and G.M. Clore, "Using Xplor-NIH for NMR molecular structure determination," Progr. NMR Spectroscopy 48, 47-62 (2006).
  • T. D. Goddard and D. G. Kneller, SPARKY 3, University of California, San Francisco
  • D.A. Case, T.E. Cheatham, III, T. Darden, H. Gohlke, R. Luo, K.M. Merz, Jr., A. Onufriev, C. Simmerling, B. Wang and R. Woods. The Amber biomolecular simulation programs. J. Computat. Chem. 26, 1668-1688 (2005).
  • J. Kozelka, Molecular origin of the sequence-dependent kinetics of reactions between cisplatin derivatives and DNA, Inorganica Chimica Acta 362 (3), 651-668 (2009)
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
14. 5. 2012 07:43, doc. Mgr. Karel Kubíček, Ph.D., učo 20563
Plný text práce
17,2 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
21. 6. 2012
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Karel Kubíček, Ph.D., učo 20563
ÚFKL Fyz PřF MU

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.

Konzultant

prof. Dr. Jiří Kozelka, PhD., učo 203651
ÚFKL Fyz PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Fyzika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.