Bakalářská práce

Nástroje analýzy proteomických dat u trojitě negativních nádorů prsu

Proteomics data analysis approaches in triple negative breast cancer

Klára Synková
Anotace

Datově nezávislý sběr dat (DIA) je řazen mezi akviziční metody hmotnostní spektrometrie (MS). Podstatou DIA metod je získání komplexních digitálních map obsahujících informace o všech detekovatelných fragmentových a prekurzorových iontech ve vzorku. K extrakci kvantitativních dat z DIA datasetů je možné využít spektrální knihovnu vytvořenou z experimentálních dat v odpovídajících softwarových nástrojích …více

Abstract

Data independent acquisition (DIA) belongs to mass spectrometry (MS) acquisition methods. The essence of DIA methods is to obtain complex digital maps containing information about all detectable fragment and precursor ions in the sample. Spectral library can be used for the extraction of quantitative data from DIA datasets, being created in suitable software tools from experimental data. Detection …více

Klíčová slova
DIA hmotnostní spektrometrie prekurzor spektrální knihovna Spectronaut DIA-NN proteomika TNBC mass spectrometry spectral library precursor proteomics
Zadání práce
Trojitě negativní karcinom prsu (TNBC) je nádorové onemocnění, které je v současné době léčitelné primárně pomocí chemoterapie. Na základě analýzy genové exprese je rozdělován do několika subtypů. Vzhledem k pokroku v oblasti proteomických metod na bázi tzv. datově nezávislého sběru dat (data independent acquisition, DIA-MS) je však zásadní výběr vhodné datově analytické techniky pro analýzu větších souborů dat. Cílem bakalářské práce bude porovnat aktuálně dostupné softwarové přístupy (Spectronaut, DIANN) na velmi dobře charakterizovaném souboru nádorových TNBC tkání a posoudit možnosti jejich využití pro klasifikaci TNBC na základě proteotypových profilů.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
19. 5. 2023 10:18, doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D., učo 8757
Plný text práce
958,3 KB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
6. 6. 2023
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D., učo 8757
ÚBioch Chem PřF MU

Oponent

Ing. Václav Pustka, učo 451768
Proteomics MCGPR CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Biochemie

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.