Kolorektální karcinom (CRC) patří mezi nejčetnější nádorová onemocnění v České republice a je druhou nejčastější příčinou nádorových úmrtí v západních zemích. Současné statistiky uvádějí incidenci 75 případů a mortalitu 40 případů na 100 000 obyvatel, a řadí tak naši zemi na první místo v Evropě a druhé místo ve světě. Jedním z nejmodernějších přístupů molekulární charakterizace solidních nádorů včetně CRC je analýza mikroRNA (miRNA). MikroRNA jsou krátké nekódující jednořetězcové RNA o délce 18-25 nukleotidů, které posttranskripčně regulují genovou expresi. Dle bioinformatických predikcí jsou miRNA schopny regulovat až jednu polovinu lidských genů, mezi které patří řada významných onkogenů, nádorových supresorů a genů hrajících významnou roli v procesech nádorové invaze, diseminace nebo rezistence k chemoterapii. V případě kolorektálního karcinomu bylo již publikováno několik prací zabývajících se rozdílnými expresními profily miRNA mezi nádorovou tkání a zdravou střevní sliznicí a rovněž byla popsána schopnost některých miRNA vykazovat funkci nádorového supresoru či onkogenu. Cílem disertační práce bude identifikace prognostických a prediktivních miRNA v nádorové tkáni a krevním séru pacientů s CRC na základě expresního profilování, a detailní charakterizace těchto miRNA pomocí in-vitro funkčních analýz s využitím stabilních buněčných linií odvozených od kolorektálního karcinomu. Dále bude na úrovni proteinové exprese ověřena schopnost vybraných miRNA regulovat translaci cílových mRNA. Metody: izolace RNA, reverzní transkripce, miRNA qRT-PCR arrays, transientní a stabilní transfekce, analýza buněčného cyklu, apoptózy, invazivní assay, gelová elektroforéza, western blot, práce se stabilními buněčnými liniemi odvozenými od kolorektálního karcinomu, moderní bioinformatické přístupy, základní biostatistické metody.

Slabý O., Krekáč D., Hrstka R., Svoboda M., Vyzula R. Zapojení mikroRNA do patogeneze nádorových onemocnění a možnosti jejich využití v diagnostické a prediktivní onkologii. Časopis lékařů českých, 2008, 147(1), s. 25-31

Slaby O, Svoboda M, Fabian P, Šmerdová T, Knoflíčková D, Bednaříková M, Nenutil R, Vyzula R. Altered expression of miR-21, miR-31, miR-143 and miR-145 is related to clinicopathologic features of colorectal cancer. Oncology, 2008, 72(5-6), s. 397-402

Slaby O, Svoboda O, Michalek J, Vyzula R. MicroRNAs in colorectal cancer: translation of molecular biology into clinical application. Molecular Cancer, 2009, 8:102