Master's thesis

Nonmetric multidimensional scaling (NMDS): robust method for processing data on biological communities

Nemetrické vícerozměrné škálování (NMDS): robustní metoda pro zpracování dat biologických společenstev

Bc. Martina Ježková
Abstract

Nemetrické vícerozměrné škálování (NMDS) je jednou z nejvíce využívaných ordinačních metod v oblasti zpracování dat biologických společenstev. Jejím principem je snížit dimenzi mnohorozměrných dat tak, aby došlo k co nejmenší ztrátě informace a aby se data dala jednoduše vizualizovat a snadno interpretovat. Tato metoda není omezena ani na konkrétní volbu transformace či standardizace dat ani na využitou …more

Abstract

Non-metric multidimensional scaling (NMDS) is one of the most frequently used ordination methods in community data processing. Its principle is to reduce the number of dimensions of multidimensional data without losing a lot of information so that the data can be easily visualized and interpreted. This method is not limited neither to a specific choice of the data transformation or standardization …more

Keywords
Nemetrické vícerozměrné škálování Ptačí společenstva Binarizace Logaritmická transformace Odmocninová transformace Wisconsinská dvojitá standardizace Standardizace na Z skóre Relativní abundance Arcsinová transformace Transformace na ordinální škálu Brayův-Curtisův index nepodobnosti CY index nepodobnosti Euklidova metrika vzdálenosti Gowerův koeficient nepodobnosti Non-metric multidimensional scaling Bird Communities Binarization Logarithmic transformation Square Root transformation Wisconsin Double standardization Z-score standardization Relative abundance Arcsine transformation Transformation into ordinal scale Bray–Curtis dissimilarity index CY dissimilarity index Euclidean distance metric Gower's dissimilarity coefficient
Thesis description
Nemetrické vícerozměrné škálování (NMDS, nonmetric multidimensional scaling) je v současnosti jednou z nejpopulárnějších mnohorozměrných metod používaných v ekologii biologických společenstev. Principem metody je zobrazení matice vztahů mezi objekty v euklidovském prostoru. Metoda pracuje s různými typy vztahů definovanými metrikou nebo indexem vzdálenosti nebo nepodobnosti. Cílem diplomové práce bude vyhodnotit robustnost NMDS na typ vstupních dat, která jsou pro různá biologická společenstva typická. Podrobně bude zjištěn vliv různých metod standardizace a transformace dat jak i vliv různých metrik vzdáleností nebo indexů podobnosti na výsledek NMDS.
Studentka v průběhu řešení diplomové práce:
1. nastuduje princip nemetrického vícerozměrného škálování (NMDS),
2. vypracuje rešerši možných metrik a indexů vzdáleností používaných u NMDS,
3. vybere metody standardizace a transformace dat vhodné pro různá biologická společenstva,
4. vyhodnotí vliv různých metod standardizace a transformace dat a vliv různých metrik vzdáleností na výsledek NMDS.
Administrative information
The thesis has been checked:
31/5/2021 16:42, RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D., UČO 163612
Full text of thesis
3,5 MB / file PDF
Language used
Czech Czech
Defence date
23/6/2021
The thesis was defended successfully

Supervisor

RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D., UČO 163612
RECETOX PřF MU

Reader

RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D., UČO 9787
IBA SpolP LF MU

Literature

  • COX, Michael A. A. and Trevor F. COX. Multidimensional scaling. 1st ed. London: Chapman & Hall, 1994, x, 231. ISBN 0412491206.
  • LEGENDRE, Pierre and Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853. ISBN 9780444892508.
  • GAUCH, Hugh G. Multivariate analysis in community ecology. Cambridge: Cambridge University Press, 1982, x, 298. ISBN 0521282403.
  • BORCARD, Daniel; François GILLET and Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759.
  • GARDENER, Mark. Community ecology : analytical methods using R and Excel. Exeter: Pelagic Publishing, 2014, x, 556. ISBN 9781907807626.
Cite this text
Masaryk University Faculty of Science
Programme
Plan
Epidemiology and modeling

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.