Bakalářská práce

Využití nemetrického vícerozměrného škálování pro zpracování dat biologických společenstev.

Use of nonmetric multidimensional scaling for data processing of biological communities.

Zuzana Kubíčková
Anotace

Pro analýzu dat ekologických společenstev je hojně užívaná mnohorozměrná ordinační metoda zvaná nemetrické vícerozměrné škálování (NMDS). Tato práce se zabývá vyhodnocením vlivu různých kombinací transformací či standardizací dat a metrik vzdáleností nebo indexů nepodobnosti na výsledek NMDS. Analýza byla prováděna na datech o společenstvech měkkýšů. Na základě výsledků této práce se jako nejvhodnější …více

Abstract

A widely used multivariate ordination method for analysing ecological community data is called non-metric multidimensional scaling (NMDS). This thesis is concerned on evaluating the effect of various combinations of data transformations or standardizations and distance metrics or dissimilarity coefficients on the results of NMDS. The analysis was performed on snail community data. Based on the results …více

Klíčová slova
Nemetrické vícerozměrné škálování (NMDS) Binarizace Logaritmická transformace Přepočet na relativní četnost Odmocninová transformace Převedení dominance na ordinální škálu Sørensenův koeficient Jaccardův koeficient Brayův–Curtisův koeficient Euklidovská vzdálenost Gowerův obecný koeficient Non-metric multidimensional scaling (NMDS) Binarization Logarithmic transformation Conversion to relative frequency Square root transformation Transformation of dominance to ordinal scale Sørensen coefficient Jaccard coefficient Bray–Curtis coefficient Euclidean distance Gower's general coefficient
Zadání práce
Studentka se obeznámí s principy základních mnohorozměrných metod se zaměřením na ordinační metody a jejich uplatněním při zpracování dat biologických společenstev. V současnosti je jednou z nejpopulárnějších metod používaných v ekologii biologických společenstev nemetrické vícerozměrné škálování (NMDS). Výsledek této metody může být ovšem ovlivněn transformací vstupních dat i použitou mírou vzdálenosti/nepodobnosti aplikovanou na datovou matici.
Studentka v průběhu řešení bakalářské práce:
1. nastuduje princip nemetrického vícerozměrného škálování (NMDS),
2. nastuduje metody standardizace a transformace dat biologických společenstev,
3. seznámí se s metrikami vzdálenosti a indexy (ne)podobnosti používanými u NMDS,
4. aplikuje různé metody standardizace a transformace dat a různé metriky vzdálenosti nebo indexy (ne)podobnosti na data společenstev měkkýšů,
5. vyhodnotí vliv různých metod standardizace a transformace dat a vliv různých metrik vzdáleností, resp. indexů (ne)podobnosti na výsledek NMDS.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
31. 5. 2021 16:41, RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D., učo 163612
Plný text práce
5,1 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
1. 7. 2021
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D., učo 163612
IBA SpolP LF MU

Oponent

RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D., učo 9787
IBA SpolP LF MU

Literatura

  • LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853. ISBN 9780444892508.
  • BORCARD, Daniel; François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759.
  • MANLY, Bryan F. J. a Jorge A. NAVARRO ALBERTO. Multivariate statistical methods : a primer. Fourth edition. Boca Raton: CRC Press, 2017, xv, 253. ISBN 9781498728966.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Experimentální biologie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.