Rod Treponema zahrnuje několik druhů a poddruhů patogenních spirochet. Infekce způsobované patogenními treponematy představují skupinu onemocnění s podobnými symptomy a epidemiologií, ve které invazivita klesá od venerické syfilis k pintě. Genom těchto organizmů vykazuje nezvyklou míru podobnosti, geny podél chromozomu jsou uspořádány shodně, chybí rozsáhlé přestavby, delece a inzerce unikátního genetického materiálu. Z hlediska epidemiologického mají v genomu význam takové lokusy, na jejichž základě dokážeme od sebe odlišit klinické izoláty jednotlivých pacientů a případně jsme schopni prokázat korelaci specifických signatur jednotlivých lokusů s rizikem pro pacienty nebo odhalit přenos infekce. Doposud je popsán pouze jeden systém typování klinických izolátů u syfilis a jedná se o pracný protokol s nespolehlivou výtěžností dat. Pro účely fylogenetické analýzy je třeba nalézt informativní lokusy, které nepodléhají homologní rekombinaci ani pozitivní selekci, aby poskytnuly co nejspolehlivější data pro rekonstrukci historického vývoje jednotlivých skupin blízce příbuzných patogenních treponemat. Cílem této diplomové práce je vytipovat z dostupných genomových sekvencí zástupců jednotlivých poddruhů lokusy kandidátní pro typování a fylogenetickou analýzu a zjistit jejich potenciál k těmto účelům na základě určení sekvenční variability u souboru typových kmenů a klinických izolátů T. pallidum.