Diplomová práce

Workflow pro shromažďování, zpracování a zpřístupnění molekul účinných látek rostlin

Workflow for collection, processing and presentation of plant bioactive molecules

Bc. Jaroslav Oľha, učo 348646
Anotace

Molekuly alkaloidov, ktoré sa nachádzajú vo vyšších rastlinách a iných organizmoch po celom svete, sú nedeliteľnou súčasťou súčasnej farmácie a medicíny. Avšak napriek tomu, že informácie o týchto molekulách sú dostupné v rôznej literatúre a online databázach, ešte stále neexistuje jednotná a obsiahla databáza alkaloidov v ktorej by tieto informácie mohli byť uložené a zdieľané. To je problém ktorý …více

Abstract

Molecules of alkaloids, found in higher plants and other organisms all over the world, are an integral part of today's drug design and medical practice. However, although data on these molecules is available in literature and various online databases, they are yet to be stored and shared in a unified and comprehensive database of alkaloids. That is what this master's thesis attempts to address, by …více

Klíčová slova
Alkaloids web application MVC database of molecules.
Zadání práce
Účinné látky rostlin jsou z biochemického a farmakologického hlediska velmi zajímavé, protože velké množství molekul léků bylo odvozeno právě na základě těchto látek. Vzorce a struktury účinných látek rostlin jsou většinou dostupné, ale jsou bohužel rozptýleny v různorodých databázích organických molekul. Proto je problém tyto molekuly zpracovávat jako jeden celek a využívat je např. jako vstupy pro virtuální screening nebo jiné techniky zaměřené na vyhledávání nových molekul léků. Z tohoto důvodu jsou vytvářeny databáze, shromažďující informace o účinných látkách rostlin určitých regionů. Pro účinné látky evropských rostlin však zatím žádná relevantní databáze nebyla publikována.
Právě na uvedené téma se proto zaměřuje tato diplomová práce. Cílem práce je vytvořit workflow pro shromažďování, zpracování a zpřístupnění molekul účinných látek rostlin. Toto workflow bude dále využito pro přípravu databáze účinných látek evropských rostlin. Konkrétní úkoly realizované v rámci práce jsou následující:
  • Nastudovat biochemické a bioinformatické pojmy a přístupy nutné pro provedení práce (zápis molekul v databázích, identifikace molekul, porovnávání molekul, tvorba 3D struktury molekul, ...)
  • Navrhnout a implementovat workflow, které je schopno provést následující kroky:
    • Stáhnout ze zvolených databází organických molekul vybrané molekuly (určené pomocí ID)
    • Ověřit, zda má každá molekula ve všech databázích korektní (stejnou) strukturu
    • Vygenerovat pro každou molekulu jednotnou 3D strukturu
  • Navrhnout a implementovat webovou aplikaci pro prezentaci struktur molekul (včetně odkazů na zdrojové databáze a na informace o rostlinách)
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
2. 6. 2014 14:23, prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
Plný text práce
543,6 KB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
23. 6. 2014
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
VyCh CSB CEITEC MU

Oponent

Mgr. Martin Prokop, Ph.D.
abs PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.