Diplomová práce

Implementácia TES API pre Galaxy Pulsar

Implementation of TES API for Galaxy Pulsar

Bc. Norbert Dopjera, učo 456355
Anotace

Cieľom tejto práce bolo preskúmať a uplatniť možnosti implementácie rozšírenia služby Galaxy Pulsar o štandardizované webové rozhranie TES API, ktoré bolo vytvorené ako snaha normalizovať spúšťanie dávkových úloh vo vysokovýkonných výpočtových prostrediach. Doteraz bolo možné službu Galaxy Pulsar používať len na spúšťanie špecifických úloh softvéru Galaxy a jej rozšírenie by malo uľahčiť prechod smerom …více

Abstract

The aim of this work was to examine and apply the possibilities of implementing the Galaxy Pulsar service with a standardized web interface TES API, which was created in an effort to normalize the execution of batch jobs in high-performance computing environments. Until now, Galaxy Pulsar could only be used to run specific Galaxy software tasks, and its extension should facilitate the transition to …více

Klíčová slova
Galaxy Pulsar Task Execution Service TES API Python FastAPI asynchrónne programovanie webové služby REST fronty správ Docker Funnel TESK Poetry dynaconf Pydantic
Zadání práce
Cílem práce je rozšíření systému Galaxy Pulsar o webové rozhraní, které bude přijímat úlohy ve formátu TES (Task Execution Service), který je standardizovaný skupinou GA4GH. Součástí diplomové práce je spolupráce s komunitou projektu Galaxy ohledně akceptace navrženého řešení. Úkolem studenta je nastudovat aktuální implementace standardu TES a systému Galaxy Pulsar, navrhnout a po odsouhlasení vedoucím práce použít vybranou implementaci TES případně vytvořit novou implementaci, analyzovat možnosti propojení vybrané implementace a systému Galaxy Pulsar a propojit vybranou implementaci se systémem Galaxy Pulsar. Jedním z cílů práce je také vyhodnocení kompatibility řešení s dalšími implementacemi standardu TES, vhodné otestování řešení a vyhodnocení propustnosti systému. Textová část práce bude obsahovat analýzu projektu a definici cílů, přehled aktuálních implementací a možností implementace standartu TES, v případě vlastní implementace návrh její architektury, analýzu možností integrace vytvořeného řešení do systému Galaxy Pulsar a popis zvoleného řešení spolu s návody, jak projekt a jeho komponenty správně používat.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
23. 5. 2022 10:25, Mgr. Miroslav Ruda, učo 1284
Plný text práce
2,4 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
slovenština slovenština
Termín obhajoby
22. 6. 2022
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Miroslav Ruda, učo 1284
ANKO DITI ÚVT MU

Oponent

RNDr. Lukáš Hejtmánek, Ph.D., učo 3545
AIS DITI ÚVT MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Plán
Řízení vývoje softwarových systémů

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.