Diplomová práce

Analýza celogenomové sekvence Borrelia miyamotoi

Analysis of the whole genome sequence of Borrelia miyamotoi

Bc. et Bc. Jan Janeček
Anotace

Tato práce popisuje genomické analýzy chromozomů Borrelia miyamotoi dvou českých izolátů. 416 nasátých samic klíšťat bylo zpracováno a otes-továno pro přítomnost Borrelia miyamotoi. Vajíčka dvou pozitivních klíšťat (CZ-F1E a CZ-F190E) byla sekvenována a jejich chromozomové sekvence analyzovány a srovnány navzájem i s dalšími dostupnými sekvencemi. Bylo identifikováno 51 SNV a několik dalších změn. …více

Abstract

This thesis describes genomics analyses of Borrelia miyamotoi chromosomes of two Czech isolates. 416 fully engorged ticks were processed and tested for the presence of Borrelia miyamotoi. The egg clusters of two positive ticks (CZ-F1E and CZ-F190E) were sequenced and their chromosome se-quences were analysed and compared with each other and with available chromosome sequences. 51 SNVs were detected …více

Klíčová slova
Borrelia miyamotoi klíště sekvenování chromozom bakterie komparativní genomika návratná horečka tick sequencing chromosome bacterium comparative genomics relapsing fever
Zadání práce
Borrelia miyamotoi patří do skupiny borrelií návratných horeček. Oproti většině zástupců této skupiny, kteří jsou asociováni s klíšťáky (Argasidae) se tato borrelie vyskytuje v klíšťatech rodu Ixodes (Ixodidae), včetně klíštěte obecného z České republiky. Způsobuje návratnou horečku, v některých případech komplikovanou neurologickými symptomy. Její patogenita je známa teprve od roku 2011. Celogenomové sekvence byly dosud získány z kmenů z USA a Asie. Cílem práce je izolovat dostatečné množství DNA Borrelia miyamotoi z vajíček klíštěte obecného pro celogenomové sekvenování, získané sekvence analyzovat a porovnat s dosud publikovanými genomy.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
11. 8. 2020 16:04, Mgr. Markéta Nováková, Ph.D., učo 206418
Plný text práce
732,9 KB / soubor PDF
Přílohy (2)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
7. 9. 2020
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Markéta Nováková, Ph.D., učo 206418
Pracoviště výzkumu genomu Biol PřF MU

Oponent

Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D., učo 106011
Genet ÚEB Biol PřF MU

Konzultant

prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D., učo 1116
Pracoviště výzkumu genomu Biol PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Experimentální biologie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.