Bakalářská práce

Integrace vizualizačního nástroje Mol* do prostředí Jupyter notebooku

Integration of Mol* visualizations in Jupyter notebook

Jan Mareček
Anotace

Tato bakalářská práce se zabývá integrací vizualizačního nástroje Mol* do prostředí Jupyter Notebooku za účelem zjednodušení a zefektivnění vizualizace biomolekulárních struktur a simulací molekulární dynamiky. Práce porovnává různé přístupy k integraci, přičemž jako nejvhodnější byla zvolena varianta využívající framework Streamlit. Navržené řešení je zasazeno do kontextu systému MDDash, který slouží …více

Abstract

This bachelor thesis focuses on integrating the Mol* visualisation tool into the Jupyter Notebook environment to simplify and enhance the visualisation of biomolecular structures and molecular dynamics simulations. The thesis compares several integration approaches, selecting Streamlit as the most suitable framework. The proposed solution is implemented within the MDDash system, designed for managing …více

Klíčová slova
Mol* Jupyter Notebook JupyterHub vizualizace dat biomolekulární struktury molekulární dynamika GROMACS MDDash Streamlit integrace softwaru
Zadání práce
Mol* je patrně nejpokročilejší nástroj pro vizualizaci struktur molekul a jejich simulací v čase. Je ale implementovaný jako samostatná webová aplikace, její integrace s dalšími nástroji není zcela přímočará.

Cílem této práce je co nejplynulejší integrace Mol* do prostředí Jupyter notebooku, který připravuje a řídí simulaci molekulární dynamiky v software Gromacs v prostředí vznikajícího komplexního portálu MDDash. Navržené řešení musí být plně funkční v tomto prostředí a snadno použitelné pro laického uživatele. 

Součástí práce bude i diskuse případných funčních a výkonových omezení, které tato integrace přináší ve srovnání s použitím samostatného Mol*.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
3. 6. 2025 12:18, Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086
Plný text práce
3,2 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
27. 6. 2025
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086
NCBR PřF MU

Oponent

RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965
NCBR PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Plán
Informatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.