Disertační práce

Molecular Modelling of Enzymes’ Substrate Specificity

Mgr. Lukáš Daniel
Anotace

Disertační práce popisuje využití technik molekulového modelování pro studium a modifikaci substrátové specificity halogenalkandehalogenas (HLD), hydrolytických enzymů štěpících vazbu mezi uhlíkem a halogenem v řadě halogenovaných uhlovodíků. HLD jsou průmyslově atraktivní biokatalyzátory s dobře prostudovaným reakčním mechanismem, díky čemuž jsou hojně využívány pro testování protokolů molekulového …více

Abstract

This Thesis describes an application of molecular modeling tools to study and modify the substrate specificity of haloalkane dehalogenases (HLDs), hydrolytic enzymes cleaving the carbon-halide bonds in a variety of halogenated hydrocarbons. HLDs are industrially attractive biocatalysts with a well-understood reaction mechanism that often serve as a benchmark for testing of different molecular modeling …více

Klíčová slova
biokatalýza substrátová specifita halogenalkandehalogenasy virtuální screening proteinové inženýrství proteinový tunel
Zadání práce
V projektu budou studovány substrátové specifity enzymů, které mají potenciál pro biomedicínské, environmentální a biotechnologické aplikace. Studium specifity enzymů bude prováděno metodami virtuálního screeningu, molekulové dynamiky, kvantové mechaniky a výpočtů volných energií. Cílem projektu bude: (i) nalézt nové substráty či inhibitory enzymů halogenalkandehalogenas, (ii) identifikovat a následně optimalizovat nové inhibitory enzymů účastnících se patogeneze a karcinogeneze a (iii) vyvinout nové přístupy studia substrátové specifity enzymů metodami molekulového modelování.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
20. 4. 2016 15:00, prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441
Plný text práce
11,5 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
20. 6. 2016
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441
RECETOX PřF MU

Oponenti

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D., učo 9703
VyCh CSB CEITEC MU
prof. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.
RECETOX PřF MU
doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D.
UP Olomouc

Konzultant

Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
RECETOX PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biologie (čtyřleté)
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.