Patogenní bakterie Clostridium difficile produkuje toxiny, které vykazují glykosyltransferázovou aktivitou. V napadené buňce dochází k selektivní glykosylaci GTPáz rodiny Rho (III), což vede k jejich inaktivaci, kolapsu aktinového cytoskeletu a smrti buněk. Glykosyltransferáza toxinů je tedy potenciální farmakologický cíl [1]. Experimentální struktura komplexu mezi glykosyltransferázou toxinu TcdB a RhoA cílovým proteinem není známa.

Cílem studenta bude vytvořit model komplexu in silico pomocí nástroje AlphaFold [2]. Vytvořený model bude doplněn o všechny substráty a kofaktory a podroben molekulárně dynamické simulaci. Student posoudí stabilitu komplexu a vyhodnotí, zdali bude vytvořený model vhodný pro následující studium reakčního mechanismu glykosylační aktivity enzymu.