Alternativa bakalářské práce

Analýza IDR v rámci transkriptomu

Analysis of IDR in transcriptome

Margarita Marsova
Anotace

Intrinsically Disordered Regions (IDRs) jsou funkčně důležité segmenty proteinů, které postrádají stabilní trojrozměrnou strukturu. Tento projekt zkoumá výskyt IDRs v organismu Ostreococcus tauri, minimalistickém eukaryotovi s vysoce kompaktním genomem. Součástí projektu je také srovnávací analýza množství IDRs a evoluční distribuce u reprezentativních eukaryot a prokaryot. Pro zhodnocení výkonu vybraných …více

Abstract

Intrinsically Disordered Regions (IDRs) are functionally important protein segments that lack a stable three-dimensional structure. This project investigates the prevalence of IDRs in Ostreococcus Tauri, a minimalistic eukaryotic organism with a highly compact genome, and includes a comparative analysis on representative eukaryotes and prokaryotes. To evaluate the performance of leading disorder predictors …více

Klíčová slova
Ostreococcus tauri IDR protein disorder prediction phylostratigraphy cross-species IDRs analysis predikce neuspořádanosti proteinů fylostratigrafie mezidruhová analýza IDRs
Zadání alternativy bakalářské práce
Strukturované domény a vnitřně neuspořádané oblasti (Intrinsically Disordered Regions, IDR) jsou dva základní typy funkčních stavebních prvků proteinů. Analýza množství IDR v rámci transkriptomu  určitého organismu poskytuje informace o biologii tohoto organismu. Velmi zajímavým organismem co se týče frekvence výskytu IDR v transkriptomu je Osterococcus Tauri - řasa, která je nejmenším volně žijícím eukaryotním organismem. Cílem projektu je zjistit, jestli tento specifický organismus obsahuje ve svém transkriptomu více IDR, než jiné eukaryotické organismy.
Konkrétní kroky v rámci projektu jsou:
  • Vyhledat nástroje pro analýzu výskytu IDR v proteinech a vybrat z nich nejvhodnější
  • Sestavit workflow pro automatickou analýzu frekvence výskytu IDR v proteomu
  • Provést tuto analýzu pro několik vybraných organismů (včetně Osterococcus Tauri) a porovnat množství IDR v jejich transkriptomech
Administrativní informace
Plný text práce
1,1 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk alternativy bakalářské práce
angličtina angličtina
Termín rozpravy
25. 6. 2025
Rozprava proběhla úspěšně

Vedoucí

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
NCBR PřF MU

Zpravodaj

Mgr. Josef Houser, Ph.D., učo 77781
CF BIC CSB CEITEC MU
Citovat tuto alternativu bakalářské práce
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Bioinformatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.