Alternative to a bachelor's thesis

Analysis of IDR in transcriptome

Analýza IDR v rámci transkriptomu

Margarita Marsova
Abstract

Intrinsically Disordered Regions (IDRs) jsou funkčně důležité segmenty proteinů, které postrádají stabilní trojrozměrnou strukturu. Tento projekt zkoumá výskyt IDRs v organismu Ostreococcus tauri, minimalistickém eukaryotovi s vysoce kompaktním genomem. Součástí projektu je také srovnávací analýza množství IDRs a evoluční distribuce u reprezentativních eukaryot a prokaryot. Pro zhodnocení výkonu vybraných …more

Abstract

Intrinsically Disordered Regions (IDRs) are functionally important protein segments that lack a stable three-dimensional structure. This project investigates the prevalence of IDRs in Ostreococcus Tauri, a minimalistic eukaryotic organism with a highly compact genome, and includes a comparative analysis on representative eukaryotes and prokaryotes. To evaluate the performance of leading disorder predictors …more

Keywords
Ostreococcus tauri IDR protein disorder prediction phylostratigraphy cross-species IDRs analysis predikce neuspořádanosti proteinů fylostratigrafie mezidruhová analýza IDRs
Alternative to bachelor's thesis description
Strukturované domény a vnitřně neuspořádané oblasti (Intrinsically Disordered Regions, IDR) jsou dva základní typy funkčních stavebních prvků proteinů. Analýza množství IDR v rámci transkriptomu  určitého organismu poskytuje informace o biologii tohoto organismu. Velmi zajímavým organismem co se týče frekvence výskytu IDR v transkriptomu je Osterococcus Tauri - řasa, která je nejmenším volně žijícím eukaryotním organismem. Cílem projektu je zjistit, jestli tento specifický organismus obsahuje ve svém transkriptomu více IDR, než jiné eukaryotické organismy.
Konkrétní kroky v rámci projektu jsou:
  • Vyhledat nástroje pro analýzu výskytu IDR v proteinech a vybrat z nich nejvhodnější
  • Sestavit workflow pro automatickou analýzu frekvence výskytu IDR v proteomu
  • Provést tuto analýzu pro několik vybraných organismů (včetně Osterococcus Tauri) a porovnat množství IDR v jejich transkriptomech
Administrative information
Full text of thesis
1,1 MB / file PDF
Attachments (1)
Language of the alternative to bachelor's thesis.
English English
Discussion date
25/6/2025
Rozprava proběhla úspěšně

Supervisor

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., UČO 4056
NCBR PřF MU

Observer

Mgr. Josef Houser, Ph.D., UČO 77781
CF BIC CSB CEITEC MU
Cite this alternative to a bachelor's thesis
Masaryk University Faculty of Science
Programme
Plan
Bioinformatics

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.