Bakalářská práce
Získaná ocenění: Cena děkana FI za vynikající závěrečnou práci

Webová aplikace pro analýzu dat z databáze bio.tools

Web application for analysis of bio.tools data

Dan Polanský
Anotace

V rámci evropského projektu ELIXIR byla vytvořena unikátní databáze bioinformatických nástrojů bio.tools, která se, na rozdíl od jiných podobných databází, zaměřuje hlavně na formální anotaci funkcí jednotlivých nástrojů. Tyto funkce popisuje ontologie EDAM. Práce navrhuje a implementuje webovou aplikaci, která bude přehledně zobrazovat vybrané přehledy a nejdůležitější statistiky nad daty z databáze bio.tools získanými skrze API a informace o publikacích.

Abstract

Within the European project ELIXIR, a unique database of bioinformatics tools called bio.tools was created. Bio.tools, unlike other similar databases, focuses mainly on the formal annotation of the functions of individual tools. These functions are described by the EDAM ontology. The thesis designs and implements a web application that will show selected reports and most important statistics from data obtained through bio.tools API and information about publications.

Klíčová slova
bio.tools webová aplikace databáze bioinformatických nástrojů bioinformatika výpočetní biologie
Zadání práce
V rámci evropského projektu ELIXIR byla vytvořena unikátní databáze bioinformatických nástrojů bio.tools. Oproti jiným podobným databázím se bio.tools zaměřuje na formální anotaci funkcí jednotlivých nástrojů. Ty jsou popsány pomocí ontologie EDAM. Nově vzniklá webová aplikace by měla přehledně zobrazovat vybrané informace z databáze bio.tools s vhodným rozčleněním pro různé kategorie nástrojů, výzkumné instituce ap. Cílem bakalářské práce bude:
  • Seznámit se se strukturou dat uložených v databázi bio.tools a s ontologií EDAM.
  • Navrhnout a implementovat aplikaci, která bude zobrazovat přehledy a nejdůležitější statistiky nad daty získanými skrze veřejná API včetně informací o publikacích a počtu citací.
  • Implementovat rozšíření této aplikace, které umožní uživateli generovat přehledy aplikací z bio.tools na základě definovaných parametrů s důrazem na jednoduchost použití.
Pro implementaci lze použít libovolný jazyk/framework, očekává se nezávislost na OS.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
18. 12. 2017 14:44, RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965
Plný text práce
849,2 KB / soubor PDF
Přílohy (2)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
13. 2. 2018
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965
VyCh CSB CEITEC MU

Oponent

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
NCBR PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.