Bachelor's thesis

Analysis, processing and visualisation of in vitro cell migration

Analýza, zpracování a vizualizace in vitro buněčné migrace

Branislav Modriansky, UČO 548323
Abstract

Buněčná migrace je klíčová pro vývoj, imunitu a mnoho onemocnění, včetně rakoviny. Kvantitativní studium migrace vyžaduje jak vhodné experimentální modely, tak robustní analytické nástroje. Tato práce představuje interaktivní webovou aplikaci pro explorativní analýzu dat trajektorií buněk, vyvinutou v Pythonu s využitím knihovny PyShiny. Náš nástroj je kompatibilní s různými formáty souborů, schopný …more

Abstract

Cell migration is central to immunity, development, and many diseases, including cancer. Quantitative study of migration requires both appropriate experimental models and robust analytical tools. This thesis presents an interactive web based application for exploratory cell tracking data analysis, developed in Python using the Py-Shiny framework. Our tool is compatible with various file formats, capable …more

Thesis description
Jedná se o experimentální bakalářskou práci. Buněčná migrace je důležitou vlastností celé řady buněk. Její pokročilá analýza je však dosud metodicky velmi omezená, což limituje reproducibilitu a explorativní přístup k tomuto typu dat. V rámci této praktické bakalářské práce student nejdříve provede rešerši v současnosti používaných přístupů k analýze a vizualizaci buněčné migrace v in vitro modelech, a následně vytvoří s použitím samostatně získaných migračních dat vlastní virtuální prostředí umožňující explorativní analýzu a vizualizaci těchto dat. K vytvoření dat použije spontánně migrující B-buněčné leukemické buněčné linie MAVER1 a MEC1, a otestuje možnosti ovlivnění jejich migrace pomocí chemokinů a dalších stimulantů. K vytvoření virtuálního prostředí využije programovací jazyk Python.
The thesis has been checked:
15/5/2026 07:30, Mgr. Štěpán Čada, Ph.D., UČO 451280

Warning:

A part of the thesis has been hidden in accordance with § 47b of the Higher Education Act due to an obstacle for its publishing until 15/4/2029.

Reasoning: Zveřejnění částí této závěrečné práce týkající se kapitol 4 Methods and materials, 5 Results a 6 Discussion je z důvodu dosud nepublikovaných dat odloženo do 15. 4. 2029.

Language used
English English
Defence date
9/6/2026
The thesis was defended successfully

Supervisor

Mgr. Štěpán Čada, Ph.D., UČO 451280
Zivoc ÚEB Biol PřF MU

Reader

Mgr. Eliška Miková
BIOCEV, 1. lékařská fakulta Univerzity Karlovy

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.