V rámci společného projektu PřF MU a FI MU vzniká software pro analýzu tunelů v proteinech metodou molekulového dokingu. Tento software je částečně postaven na existující implementaci dokovacího programu Autodock Vina. Ačkoliv je obecně Autodock Vina považován za velmi rychlý dokovací program, jeho výkon je v případě dokování do tunelu omezující (je využito složitější silové funkce a dokování je spouštěno iterativně s rozdílnými vstupy). Student analyzuje úzká hrdla ve stávající i rozšířené (pro doking do tunelu) implementaci Autodock Vina. Navrhne transformace algoritmů a datových struktur pro lepší efektivitu prováděného kódu, a to především s ohledem na využití vektorových instrukcí, lepší škálování na více procesorech a lepší paměťovou lokalitu.