Průběh studia se řídí individuálním studijním plánem schváleným oborovou radou na návrh studenta předložený prostřednictvím školitele. Individuální studijní plán má přednost před harmonogramem akademického roku.
Kreditová hodnota přípravy disertační práce podle čl. 8 odst. 3 je stanovena od jedné poloviny zpravidla do dvou třetin minimální kreditové hodnoty studia. Konkrétní hodnotu stanoví s ohledem na obsah programu oborová rada. Plnění požadavků tohoto předmětu hodnotí školitel kolokviem v každém semestru, v němž student předmět zapsal.
V průběhu studia je student povinen prokázat kompetenci v akademické a odborné angličtině nebo jiném světovém jazyce obvyklém pro program nebo obor. Tato kompetence se ověřuje jedním z následujících způsobů:
ukončení dvou příslušných semestrálních předmětů,
získáním zápočtu za napsání cizojazyčné publikace pro časopis nebo sborník a zápočtu za přednesení cizojazyčné přednášky včetně řízení následné diskuse na kvalifikovaném odborném fóru; zápočty uděluje školitel nebo hodnotitel předem stanovený oborovou radou.
Součástí studia v doktorském programu jsou kromě přípravy disertační práce (čl. 8 odst. 3) zejména:
předměty rozšiřující a prohlubující znalosti širšího vědního oboru nad rámec studia v magisterském programu,
předměty prohlubující specializované znalosti,
specializované odborné semináře,
příprava a pomoc ve výuce v bakalářských a magisterských programech.
Je-li tak stanoveno rozhodnutím oborové rady, je součástí studia příprava tezí disertační práce.