PV269 Pokročilé metody bioinformatiky

Fakulta informatiky
jaro 2024
Rozsah
2/0/1. 3 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (náhr. zkoušející)
Garance
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Po 10:00–11:50 B011
Předpoklady
Je předpokládána základní znalost molekulární biologie a problémů, kterými se zabývá bioinformatika. Je nutné předchozí absolvování předmětů IV108. Absolvování IV107, PA052 a PB050 je doporučeno.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 37 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Získat praktické dovednosti v bioinformatice nad rámec výky na bakalářském stupni a rozšiřující teoretické znalosti z IV108.
Výstupy z učení
Student bude schopen: zvolit pro daný problém vhodnou výpočetní metodu; získat a připravit si potřebná data; provést výpočet pomocí vlastních nebo obecně dostupných programů
Osnova
  • Genomové sekvence
  • - Pokročilé techniky práce s NGS daty
  • - Vyhledávání sekvenčních motivů a anotace genomů
  • - Pokročilá práce s genomovými prohlížeči
  • Proteiny
  • - Skryté Markovovy modely (HMM)
  • - Analýza proteinových struktur
Literatura
  • Next-generation DNA sequencing informatics. Edited by Stuart M. Brown. Second edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2015, xiv, 402. ISBN 9781621821236. info
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
kombinace přednášek, cvičení a domácích úloh
Metody hodnocení
Vybrané hodnocené cvičení; písemná zkouška (zk) nebo projekt (k)
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2025.