FI:PA052 Úvod do systémové biologie - Informace o předmětu
PA052 Úvod do systémové biologie
Fakulta informatikyjaro 2025
- Rozsah
- 2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučováno kontaktně - Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Monika Čechová, Ph.D. (přednášející) - Garance
- prof. RNDr. Luboš Brim, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh
- Čt 20. 2. až Čt 15. 5. Čt 14:00–15:50 S209; a Po 19. 5. 14:00–15:50 S209
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Analýza a zpracování obrazu (program FI, N-VIZ)
- Bioinformatika a systémová biologie (program FI, N-UIZD)
- Computer Games Development (program FI, N-VIZ_A)
- Computer Graphics and Visualization (program FI, N-VIZ_A)
- Computer Networks and Communications (program FI, N-PSKB_A)
- Cybersecurity Management (program FI, N-RSSS_A)
- Diskrétní algoritmy a modely (program FI, N-TEI)
- Formální analýza počítačových systémů (program FI, N-TEI)
- Grafický design (program FI, N-VIZ)
- Graphic Design (program FI, N-VIZ_A)
- Hardware Systems (program FI, N-PSKB_A)
- Hardwarové systémy (program FI, N-PSKB)
- Image Processing and Analysis (program FI, N-VIZ_A)
- Informační bezpečnost (program FI, N-PSKB)
- Information Security (program FI, N-PSKB_A)
- Kvantové a jiné neklasické výpočetní modely (program FI, N-TEI)
- Počítačová grafika a vizualizace (program FI, N-VIZ)
- Počítačové sítě a komunikace (program FI, N-PSKB)
- Principy programovacích jazyků (program FI, N-TEI)
- Řízení kyberbezpečnosti (program FI, N-RSSS)
- Řízení vývoje služeb (program FI, N-RSSS)
- Řízení vývoje softwarových systémů (program FI, N-RSSS)
- Services Development Management (program FI, N-RSSS_A)
- Software Systems Development Management (program FI, N-RSSS_A)
- Software Systems (program FI, N-PSKB_A)
- Softwarové systémy (program FI, N-PSKB)
- Strojové učení a umělá inteligence (program FI, N-UIZD)
- Vývoj počítačových her (program FI, N-VIZ)
- Zpracování a analýza rozsáhlých dat (program FI, N-UIZD)
- Zpracování přirozeného jazyka (program FI, N-UIZD)
- Cíle předmětu
- Studenti budou po absolvování tohoto kurzu seznámeni s problematikou komplexních systémů v biologii; porozumí základním principům systémové biologie; získají jasnou motivaci pro uplatnění informatických přístupů a myšlení v moderní biologii.
- Výstupy z učení
- Student bude po absolvování předmětu schopen:
- posoudit a diskutovat výhody a nevýhody metod z oblasti výpočetní systémové biologie;
- interpretovat paradigma systémové biologie;
- pojmenovat základní principy uplatňované v systémové biologii;
- obhájit své myšlenky a názory před ostatními studenty a vyučujícím. - Osnova
- Historie a zaměření systémové biologie.
- Úvod do biologických pojmů.
- Základní pojmy a principy systémového paradigmatu.
- Modelové organismy.
- Získávání biologických dat - Databáze systémově biologických znalostí.
- Průběh výzkumu v systémové biologii, role informatiky.
- Pojem modelu v systémové biologii, databáze modelů.
- Příklady systémově biologického výzkumu.
- Syntetická biologie - Návrh a rekonstrukce biologických systémů.
- Informace v biologii a o biologii.
- Literatura
- doporučená literatura
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- přednáška, samostatné studium, kvízy
- Metody hodnocení
- Zkouška je písemná. V případě zadání průběžných testů během semestru, mají tyto podíl nejvýše 30% na závěrečném hodnocení. Pomocné materiály nejsou povoleny.
- Navazující předměty
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
- Statistika zápisu (nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/jaro2025/PA052