C9903 Structural databases

Faculty of Science
Autumn 2004
Extent and Intensity
8/8. 2 credit(s). Recommended Type of Completion: zk (examination). Other types of completion: k (colloquium).
Teacher(s)
prof. Ing. Bohdan Schneider, CSc., DSc. (lecturer), Mgr. Eva Fadrná, Ph.D. (deputy)
Guaranteed by
Mgr. Eva Fadrná, Ph.D.
Chemistry Section – Faculty of Science
Contact Person: Mgr. Eva Fadrná, Ph.D.
Course Enrolment Limitations
The course is also offered to the students of the fields other than those the course is directly associated with.
The capacity limit for the course is 24 student(s).
Current registration and enrolment status: enrolled: 0/24, only registered: 0/24, only registered with preference (fields directly associated with the programme): 0/24
fields of study / plans the course is directly associated with
there are 18 fields of study the course is directly associated with, display
Course objectives (in Czech)
Velké množství experimentálně stanovených struktur organických a biologických molekul je možné efektivně využívat, studujeme-li je vhodnými nástroji. Mezi ty základní patří databáze molekulárních struktur a práci s databázemi od získávání strukturních dat k jejich zpracování je kurs věnován. Studenti se naučí používat tři databáze nejdůležitější pro biologii a chemii: CAMBRIDGE STRUCTURAL DATABASE (CSD), PROTEIN DATA BANK (PDB), NUCLEIC STRUCTURE DATABASE (NDB). Na databasové dotazy navazuje zpracování nalezené informace. V kurzu se zmíníme o základních metodách statistického zpracovaní dat se zvláštním zřetelem na (periodicky se opakující) torsní úhly. Studenti se naučí používat i originální metodu průměrování 3D distribicí bodů technikou Fourierových transformací.
Syllabus (in Czech)
1. CSD, 2. PDB, 3. NDB, 4. Další významné zdroje informací na webu a jejich použití, 5. Formáty souřadnicových soubor, příprava dat k dalšímu zpracování, 6. Základní statistické zpracování dat, 7. Metoda Fourierovského průměrování, 8. Příklady zpracování distribucí torsních úhlů
Assessment methods (in Czech)
Test + diskuse nad výsledky
Language of instruction
Czech
Further comments (probably available only in Czech)
The course is taught only once.
The course is taught in blocks.
Note related to how often the course is taught: 2.-4.11.
Teacher's information
http://www.ncbr.chemi.muni.cz/~evaf/databaze.html
  • Enrolment Statistics (recent)
  • Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/autumn2004/C9903