Bi9410c Structural Biology - practice

Faculty of Science
Autumn 2011 - acreditation

The information about the term Autumn 2011 - acreditation is not made public

Extent and Intensity
0/2/0. 2 credit(s) (fasci plus compl plus > 4). Type of Completion: z (credit).
Teacher(s)
Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (lecturer)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (lecturer)
Guaranteed by
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Department of Experimental Biology – Biology Section – Faculty of Science
Contact Person: Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
Prerequisites (in Czech)
! Bi6901 Structural Biology - practice
Course Enrolment Limitations
The course is offered to students of any study field.
Course objectives (in Czech)
Cílem cvičení je osvojit si praktické využití volně dostupných webových serverů, programů a databází ke studiu struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
Syllabus (in Czech)
  • 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii.
  • 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, strukturní databáze PDB, PDBsum, EDS, NDB.
  • 3. Vizualizace struktur – možnosti zobrazení, dostupné programy.
  • 4. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
  • 5. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
  • 6. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
  • 7. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
  • 8. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 9. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 10. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 11. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
  • 12. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
Literature
  • Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
  • Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
  • Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
Teaching methods (in Czech)
samostatné cvičení v počítačové učebně
Assessment methods (in Czech)
písemný test
Language of instruction
Czech
Further Comments
Course is no more offered.
The course is taught: every week.
The course is also listed under the following terms Autumn 2012, Autumn 2013, Autumn 2014, Autumn 2015, Autumn 2016, autumn 2017, Autumn 2018, Autumn 2019, Autumn 2020, autumn 2021, Autumn 2022, Autumn 2023, Autumn 2024.