C2137 Pokročilá chemoinformatika - seminář

Faculty of Science
Autumn 2011 - acreditation

The information about the term Autumn 2011 - acreditation is not made public

Extent and Intensity
0/1. Type of Completion: z (credit).
Teacher(s)
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (lecturer), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (deputy)
Guaranteed by
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science
Prerequisites (in Czech)
NOW ( C2136 Pokročilá chemoinformatika )
Course Enrolment Limitations
The course is offered to students of any study field.
Course objectives
QSPR modelování: Návrh QSPR modelu avpro predikci pKa. Konkrétní kroky: Výběr deskriptorů, ověření vhodnosti výběru deskriptorů, parametrizace modelu, testování a validace modelu, cross-validace modelu, úpravy a zpřesňování modelu. Práce s různými nástroji pro tvorbu QSPR modelů (Ochem, ChemBench, QSPR Designer, atd.). Vyhledávání dat v chemoinformatických databázích: Vyhledávání molekul z vybraných chemických skupin a vytváření vlastní chemoinformatické datové sady, vyhledávání vlastností a výpočet deskriptorů pro dané molekuly, aplikace získaných datových sad pro tvorbu QSPR modelů. Virtuální screening: Metoda molekulového dokování, skórovací funkce, práce s programem AutoDock.
Syllabus (in Czech)
  • QSPR modelování: Návrh QSPR modelu avpro predikci pKa. Konkrétní kroky: Výběr deskriptorů, ověření vhodnosti výběru deskriptorů, parametrizace modelu, testování a validace modelu, cross-validace modelu, úpravy a zpřesňování modelu. Práce s různými nástroji pro tvorbu QSPR modelů (Ochem, ChemBench, QSPR Designer, atd.).
    Vyhledávání dat v chemoinformatických databázích: Vyhledávání molekul z vybraných chemických skupin a vytváření vlastní chemoinformatické datové sady, vyhledávání vlastností a výpočet deskriptorů pro dané molekuly, aplikace získaných datových sad pro tvorbu QSPR modelů.
    Virtuální screening: Metoda molekulového dokování, skórovací funkce, práce s programem AutoDock.
Literature
  • • Chemoinformatics Concepts, Methods, and Tools for Drug Discovery. Edited by Jürgen Bajorath. Humana Press Totowa, New Jersey, 2004
  • • Chemoinformatics Approaches to Virtual Screening. Edited by Alexandre Varnek and Alex Tropsha. Royal Society of Chemistry, 2008
  • Handbook of chemoinformatics :from data to knowledge in 4 volumes. Edited by Johann Gasteiger. Weinheim: Wiley-VCH, 2003, xlvii s.,. ISBN 3-527-30680-3. info
  • Chemoinformatics : a textbook. Edited by Johann Gasteiger - Thomas Engel. Weinheim: Wiley-VCH, 2003, xxx, 649. ISBN 9783527306817. info
Teaching methods (in Czech)
řešení příkladů
Assessment methods (in Czech)
písemný test
Language of instruction
Czech
Further Comments
The course is taught annually.
The course is taught every week.
The course is also listed under the following terms Spring 2008 - for the purpose of the accreditation, Autumn 2013, Spring 2014, Autumn 2014, Autumn 2016, Autumn 2018, Autumn 2020, autumn 2021, Autumn 2023, Autumn 2024, Autumn 2025.