C7176 DNA diagnostika - cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2011
Rozsah
0/4/0. 4 kr. Ukončení: kz.
Vyučující
prof. RNDr. Omar Šerý, Ph.D. (přednášející), doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D. (zástupce)
Mgr. Lukáš Častulík (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Omar Šerý, Ph.D.
Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
C7176/01: Út 9:00–12:50 C05/108
C7176/02: St 14:00–17:50 C05/108
C7176/03: Čt 11:00–14:50 C05/108
C7176/04: Pá 9:00–12:50 C05/108
Předpoklady
C7175 Diagnostika DNA
Základním předpokladem je úspěšné absolvování předmětu DNA diagnostika.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 64 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/64, pouze zareg.: 0/64, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/64
Jiné omezení: Nutností zápisu do předmětu je úspěšné absolvování zkoušky z DNA diagnostiky.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem cvičení z DNA diagnostiky je seznámit studenty s praktickou stránkou provádění DNA analýz. Studenti si prakticky vyzkoušejí takové postupy jako je izolace DNA různými metodami, různé metody PCR, restrikční analýza, elektroforéza na agarózovém gelu, DNA sekvenace, reverzní transkripce a relativní kvantifikace RNA. Mezi úlohy je také zařazeno použití rychlých imunochromatografických testů pro klinickou praxi.
Osnova
  • 1. Úvodní teoretická příprava, bezpečnost práce v laboratoři, seznámení s přístroji Izolace DNA z bukální tkáně pomocí izolačního kitu 2. Detekce polymorfizmu I/D genu pro ACE pomocí PCR a restrikční analýza polymorfizmu Taq I A genu pro dopaminový receptor D2 (I) 3. Detekce polymorfizmu I/D genu pro ACE pomocí PCR a restrikční analýza polymorfizmu Taq I A genu pro dopaminový receptor D2 (II) 4. Izolace DNA z klíštěte, detekce B.b. sensu lato pomocí metody RealTime PCR, nested PCR detekce B.b. sensu lato 5. Téma borelióza: nested PCR detekce B.b. sensu lato, agarózová elektroforéza nested PCR produktů, sekvenační reakce, sekvenace 6. Vyhodnocení výsledků sekvenace DNA části genomu B.b. sensu lato a zařazení do druhů, design primerů a sond 7. Detekce trombofilních faktorů pomocí fragmentační analýzy na genetickém analyzátoru 8. DNA sekvenace části genu pro laktázu – určování laktózové intolerance 9. Srovnání dvou „housekeeping“ genů pro stanovení relativní kvantity RNA z lidské tkáně 10. Stanovení drogových metabolitů a dalších látek pomocí imunochromatografických testů
Literatura
  • Manual of commercial methods in clinical microbiology. Edited by Allan L. Truant. Washington: ASM Press, 2002, xix, 481 s. ISBN 1-55581-189-2. info
  • The nucleic acid protocols handbook. Edited by Ralph Rapley. Totowa, N.J.: Humana Press, 1999, xxii, 1050. ISBN 0896038416. info
Výukové metody
Výukové metody zahrnují jednak teoretickou přípravu formou přednášek, jednak laboratorní cvičení.
Metody hodnocení
Klasifikovaný zápočet na základě odevzdání protokolů
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010 - akreditace, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.