C7301 Základy genomiky - cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2020
Rozsah
0/0/3. 3 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (cvičící)
Ing. Eliška Kadlecová (cvičící)
RNDr. Hana Konečná (cvičící)
RNDr. Jan Skalák, Ph.D. (cvičící)
doc. Mgr. Markéta Šámalová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Markéta Žďárská, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Lucia Tomovičová (cvičící)
Mgr. Eliška Špačková (cvičící)
Garance
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
NOW( C7201 Genomika ) || NOW( CG020 Genomika )
Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie a genetiky.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 1/36, pouze zareg.: 1/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Jiné omezení: pro zápis do cvičení je nutné absolvování teoretické přednášky Bi7201
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Studenti získají praktické zkušenosti se základními metodami funkční genomiky, t.j. především metody identifikace inzerčních mutantů pomocí PCR: Od navržení primeru, jejich přípravy pomocí syntézy DNA, provedení vlastní PCR reakce, identifikace PCR produktů na gelu a potvrzení specificitry produktů pomocí Southern blot a hybridizace se značenou sondou až po fragmentační analýzu na automatickém sekvenátoru. Práce probíhá ve skupinách po 2 a každý si tak může prakticky vyzkoušet samostatný přístup jak k plánování experimentu, tak i jeho provedení.
Výstupy z učení
Na konci tohoto kurzu získají studenti přehled o základních přístupech funkční genomiky, které budou schopni využít při řešení problémů vlastní odborné praxe.
Osnova
  • Design sekvence oligonukleotidů
  • Syntéza oligonukleotidů
  • Analýza genové exprese pomocí transkripční fůze
  • Izolace rostlinné genomové DNA
  • Identifikace inzerčního mutanta pomocí PCR
  • Práce s databázemi molekulárně-biologických informací
  • Přenos DNA na membránu, příprava značené sondy a hybridizace
  • Detekce hybridizované sondy
  • Fragmentační analýza
Literatura
  • Functional genomics : methods and protocols. Edited by Michael J. Brownstein - Arkady B. Khodursky. Totowa, N.J.: Humana Press, 2003, xii, 258. ISBN 1588292916. info
  • Plant functional genomics. Edited by Erich Grotewold. Totowa, N.J.: Humana Press, 2003, xv, 449 s. ISBN 1588291456. info
Výukové metody
Praktické řešení problémů demonstrujících využití základních nástrojů funkční genomiky.
Metody hodnocení
Ukončení kurzu formou kolokvia. Úspěšné zakončení je podmíněno včasným dodáním všech požadovaných protokolů a absolvováním závěrečného pohovoru.
Navazující předměty
Informace učitele
Výuka předmětu "Bi7201c Základy genomiky, cvičení", proběhne v podzimním semestru 2012 blokově ve třech bězích a to až během zkouškového období (jiný termín není bohužel z důvodu vnitřníéch předpisů fakulty možný) a to v termínech 7.-11.1. 2013, 14.1.-18.1. 2013 a 21.-25.1. 2013). Na jednotlivé běhy jsem vypsal seminární skupiny, do kterých se přihlašte tak, jak vám to bude časově lépe vyhovovat. Připomínám, že NUTNOU podmínkou možnosti abslovovat cvičení je současný zápis nebo předchozí absolvování předmětu CG020 Genomika nebo Bi7201 Základy genomiky (blíže viz stránky předmětu).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.