Bi2004en Methods in plant cytogenetics and cytogenomics II. - practical course

Přírodovědecká fakulta
jaro 2026
Rozsah
0/24/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D. (přednášející)
Garance
RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Bi2002en Methods plant cytogenetics 1
The completion of the basic course "Methods in plant cytogenetics and cytogenomics I. (S2002)" is a prerequisite for enrolling this advanced course.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/10, pouze zareg.: 0/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10
Cíle předmětu
Students will get acquainted with preparation of extended DNA fibres (fibre FISH), immuno localization of modified histones, immuno-labeling of 5-methyl cytosine, and FISH to immuno preparations. Advanced methods of fluorescence microscopy and digital photomicrography will be practised.
Výstupy z učení
Student will be able to (i) prepare extended DNA fibres, (ii) prepare DNA probes, (iii) carry out fibre FISH, immuno-localization of modified histones, immuno-labeling of 5-methyl cytosine and FISH to immuno preparations, (iv) analyze preparations using fluorescence microscopy, (v) photograph chromosomes and cell nuclei, and finally (vi) analyze and process the acquired photographs.
Osnova
Annotation This advanced course follows Methods in plant cytogenetics I. Aim of the course is to make students familiar with the principles and applications of DNA-DNA fluorescence in situ hybridization (FISH) and immuno-localisation as tools for studying the chromatin and nuclear organization of higher plants. Students will get acquainted with preparation of extended DNA fibres (fibre FISH), immuno-localization of modified histones, immuno-labeling of 5-methyl cytosine, and FISH to immuno-preparations. Advanced methods of fluorescence microscopy and digital photomicrography will be practised. Syllabus Day 1 - introduction in theoretical and practical principles of nuclei isolation and DNA fibre FISH - nuclei isolation from leaves - nuclei extension and fibre FISH hybridization with probes corresponding to ribosomal DNA repeats Day 2 - introduction in multilayer detection of the fluorescence signals and immuno-localisation of modified histones and methylated DNA - fibre FISH multilayer detection - immuno-localisation of modified histones H3metK4 and H3metK9: PART I - immuno-labelling of 5-methyl cytosine on mitotic and meiotic chromosomes - fluorescence microscopy of fibre FISH and immuno-labelled methylcytosine Day 3 - immuno-localisation of modified histones H3metK4 and H3metK9: PART II - fluorescence microscopy of modified histones - advanced analysis using fluorescence microscopy, image capture - computer processing of microscope images (Adobe Photoshop) - conclusions
Literatura
    doporučená literatura
  • SCHWARZACHER, T. a HESLOP-HARRISON. Practical in situ hybridization. Bios, 2000. info
Výukové metody
Lectures followed by practical tasks in a cytogenetic laboratory.
Metody hodnocení
Colloquium. Successful completion is conditioned by a timely delivery of all required protocols and completion of the final interview.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2025.