E6080 Environmentální genomika

Přírodovědecká fakulta
jaro 2026
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA (přednášející)
doc. RNDr. Sabina Ševčíková, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Albert Kšiňan, Ph.D. (přednášející)
Ing. RNDr. Martin Marek, Ph.D., MBA (přednášející)
Vladimíra Vraná (pomocník)
Mgr. Barbora Zwinsová, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem předmětu je seznámit studenty s vědním oborem environmentální genomika, který se zabývá interakcemi mezi člověkem a prostředím na genomové úrovni, tzv. gen-environment interakce, a s tím souvisejícími interakcemi mezi člověkem a jeho mikrobiotou, epigenomikou, genovou expresí, geneticky podmíněnou náchylností ke komplexním chorobám a PGx (farmakogenetika a farmakogenomika).
Výstupy z učení
Student po absolvování předmětu: - bude rozumět tomu, čím se zabývají obory environmentální genomika, PGx a populační genetika, - bude schopný diskutovat o vlivu expozičních faktorů na lidský genom a mikrobiom, - bude umět vysvětlit, co je to genetická predispozice k onemocnění a jaké jsou metody studia genetické složky u komplexních chorob, - bude seznámen s multiomickými přístupy studia lidského zdraví a nemoci.
Osnova
1. Úvod do environmentální genomiky člověka (definice oblastí zájmu: gen-environment interakce, interakce gen-gen, genetika komplexních chorob, epigenomika). 2. Populační genetika, genetické asociační studie, metody studia komplexních chorob. 3. Genetická predispozice (náchylnost) ke komplexním chorobám – studie kontrol a případů. 4. Genetická predispozice (náchylnost) ke komplexním chorobám – imunogenetika a onkogenetika. 5. PGx (farmakogenetika a farmakogenomika) - personalizovaná medicína. 6. Lidský mikrobiom ve zdraví a v nemoci, multiomické přístupy, metatranskriptom, metabolom a metaproteom, vývoj mikrobiomu. 7. Lidský mikrobiom a metabolizace xenobiotik, antibiotická rezistence. 8. Genové inženýrství. 9. Lidský mikrobiom – orální mikrobiom, mikrobiom gastrointestinálního traktu, onkobiom. 10. Lidský mikrobiom a reprodukce. 11. Lidský mikrobiom a epigenetické modifikace. 12. Epigenetika v onkologii.
Literatura
  • https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/290458/sgenomics-e-e.pdf
  • https://doi.org/10.1093/hmg/ddh228
Výukové metody
Výuka je realizována formou přednášky s prezentací.
Metody hodnocení
Návštěva přednášek není povinná, ale silně doporučená pro porozumění probíraným tématům. Závěrečné hodnocení (na konci semestru) bude realizováno formou písemné zkoušky (20 otázek, forma testu) s následnou ústní zkouškou.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2022, jaro 2025.