Diplomová práce

Návrh a implementace analýzy sekvenačních dat pro detekci proteinových interakcí

Analysis of sequencing data for prediction of protein interactions

Bc. Adam Krejčí
Anotace

Cílem práce bylo navrhnout vhodný postup pro analýzu velkého množství dat popisujících biologické sekvence získané metodou Phage display, který bude schopen v datech identifikovat jednotlivé protein-proteinové interakce, dále vytvořit základní implementaci zvoleného postupu a prověřit jeho schopnosti zpracovat data reálného rozsahu. Byl navržen postup kombinující hierarchické shlukování v upravené …více

Abstract

The aim of this thesis was to develop suitable method of analysing large amounts of data describing biological sequences acquired by the Phage display method. The process should identify particular protein-protein interactions. Next point was to create basic implementation of this method and test its ability to process real-sized data. Presented method is a combination of adjusted hierarchical clustering …více

Klíčová slova
Protein Phage display bakteriofág Sekvenování DNA nové generace Shluková analýza skrytý Markovův model
Zadání práce
Student se seznámí s metodou "phage display" a jejím použitím pro studium proteinových interakcí. Rovněž nastuduje používané formáty a postupy zpracování dat z přístrojů pro sekvenování druhé generace (např. Illumina, Roche 454). Cílem práce bude navrhnout a implementovat výpočetní postup, který v sekvencích DNA z "phage display" experimentu co nejefektivněji (hlavně z hlediska rychlosti výpočtu a praktické použitelnosti na souborech očekávané velikosti) identifikuje nadměrně zastoupené sekvenční motivy odpovídající jednotlivým interakcím. Navržená metoda musí být dostatečně robustní, hlavně pokud jde o možnost rozlišení hledaných interakcí od pozadí, případně nalezení zajímavých rozdílů v množině podobných experimentů.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
23. 5. 2013 07:32, doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
Plný text práce
2,4 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
26. 6. 2013
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
DGen CMM CEITEC MU

Oponent

Mgr. Vojtěch Bystrý, Ph.D., učo 98640
BioIT CMM CEITEC MU

Konzultant

MUDr. Petr Müller, Ph.D., učo 20519
ÚPF Teorie LF MU

Literatura

  • HUANG, J, B RU a P DAI. Boinformatics resources and tools for phage display. Molecules. Springer-Verlag, 2011, roč. 16, č. 1, s. 694-709. ISSN 1420-3049.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Co je jinak přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Co je jinak další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Co je jinak pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Co je nové vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Co je nové rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.

  • Co se chystá

    Připravujeme další vylepšení pro mobilní zařízení.