Disertační práce

Nové bioinformatické metody pro globální analýzu peptidových knihoven

Novel bioinformatics methods for global analysis of peptide libraries

Mgr. Adam Krejčí
Anotace

Práce se zabývá vývojem softwarového nástroje pro shlukování velkého množství peptidových sekvencí na základě sdílených sekvenčních motivů. Výsledný nástroj je následně aplikován na data z experimentů využívajících metodu phage display společně se sekvenováním nové generace (NGS) k detailnímu určení epitopů protilátek včetně polyklonálních sér.

Abstract

The main topic of this work is the development of a software tool for clustering of peptide sequences on the basis of shared sequence motifs. The tool is then applied on data from phage display experiments sequenced using next generation sequencing (NGS) to obtain detailed descriptions of binding specificities of various antibodies including polyclonal sera.

Klíčová slova
bioinformatika bioinformatics NGS phage display peptid peptide antibody protilátka software sequence sekvence clustering shluková analýza
Zadání práce
Prostřednictvím metody Phage display budou získávány sekvence peptidů specificky interagující s cílovými proteiny nebo protilátkami. Sekvenování nové generace pak bude využito ke globální analýze takto selektovaných peptidů. Téma této disertační práce je zaměřeno na vývoj nových bioinformatických přístupů analyzujících variabilní sekvence fágových knihoven. Tyto přístupy by měly přinést důležité informace o celém spektru protilátek vytvářených jako odpověď hostitele na antigen, infekční onemocnění, nebo přítomnost nádoru. Tyto přístupy budou využívány i k hledání peptidů sloužící jako inhibitory nebo aktivátory konkrétních proteinů a budou sloužit jako nástroj pro vývoj nových terapeutických přístupů.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
2. 11. 2017 09:39, MUDr. Petr Müller, Ph.D., učo 20519
Plný text práce
2,2 MB / soubor PDF
Přílohy (3)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
9. 1. 2018
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

MUDr. Petr Müller, Ph.D., učo 20519
ÚPF Teorie LF MU

Oponenti

doc. Ing. Vojtěch Spiwok, Ph.D.
Ústav chemie a mikrobiologie, VŠCHT v Praze
Mgr. Marian Novotný, Ph.D.
Katedra buněčné biologie, PřF UK
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biologie (čtyřleté)
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.