Diplomová práce

Bioinformatický modul pro posouzení klonality sekvenačních dat z imunoglobulinových receptorů v pacientech s leukémií a lymfomou

Bioinformatics module for the assessment of clonality in antigen receptor NGS data from leukemia and lymphoma patients

Bc. Tomáš Reigl, učo 357888
Anotace

Imunitní systém člověka je komplexní biologická jednotka. Zodpovědnost za rozpoznání patologických změn nesou lymfocyty a jejich antigenní receptory, tedy imoglobuliny a receptory T buněk. Právě analýza genetických sekvencí těchto antigenních receptorů představuje jeden z ústředních bodů léčby pacientů s leukémií a lymfatickými onemocněními. Práce se zaměřuje na vývoj speciálního bioinformatického …více

Abstract

Immune system of a human body is a complex biological unit. The main subunits responsible for the pathogen recognition are lymphocytes and their antigen receptors – immunoglobulins (IG) and T cell receptors (TR). Analysis of the genetic sequences of the antigen receptors is a crucial part of a treatment of patients with leukemia and lymphoma disease. The focus of the thesis is on the development of …více

Klíčová slova
antigenní receptor antigen receptor bioinformatika bioinformatics chronická lymfatická leukémie chronic lymphocytic leukemia CLL klonalita clonality immunoprofiling next generation sequenceing NGS
Zadání práce
The student will develop a bioinformatics module towards the robust and clinically-relevant assessment of clonality in leukemia and lymphoma patients, i.e. the abnormal expansion of specific malignant lymphocytes. Focus should be on full interoperability with existing framework, sound statistical analysis and visualization of sample composition. The module will be a plug-in to the existing EuroClonality-NGS (euroclonality.org) bioinformatics pipeline for the standardised and comprehensive analysis of antigen receptor next-generation sequencing (NGS) data.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
7. 1. 2017 11:44, doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
Plný text práce
5,1 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
7. 2. 2017
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
KSUZD FI MU

Oponent

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
KSUZD FI MU

Konzultant

Nikos Darzentas, Ph.D.
LGen CMM CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.