Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii

Týden 10 - Dynamická analýza sítí: Stochastický model

Stáhněte nástroj Dizzy z výše uvedené lokace a rozbalte balík.

Spustťe Dizzy:

- module add java

- ./bin/runDizzy.sh &

Otevřete model samples/Michaelis.cmdl obsahující model katalytické reakce (Michaelis-Menten).

Prohlédněte model v human-readable formě: Tools -> View -> human-readable.

Nastavte iniciální podmínku na následující hodnoty:

E = 25;
S = 50;
P = 0;
ES = 0;

Otevřete okno simulací: Tools -> Simulate.

Zvolte přímou Gillespiho metodu, nastavte stop time na 800 a spusťte simulaci.

Nastavte "stochastic ensemble size" na 100 a spusťte znovu simulaci. Porovnejte výsledky.