Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii
Týden 10 - Dynamická analýza sítí: Stochastický model
Stáhněte nástroj Dizzy z výše uvedené lokace a rozbalte balík.
Spustťe Dizzy:
- module add java
- ./bin/runDizzy.sh &
Otevřete model samples/Michaelis.cmdl obsahující model katalytické reakce (Michaelis-Menten).
Prohlédněte model v human-readable formě: Tools -> View -> human-readable.
Nastavte iniciální podmínku na následující hodnoty:
E = 25;
S = 50;
P = 0;
ES = 0;
Otevřete okno simulací: Tools -> Simulate.
Zvolte přímou Gillespiho metodu, nastavte stop time na 800 a spusťte simulaci.
Nastavte "stochastic ensemble size" na 100 a spusťte znovu simulaci. Porovnejte výsledky.