Domácí cvičení 1 (max. 6 bodů; odevzdat do 21.3. 12:00)

1) V databázi ArrayExpress nalezněte expresní data související s nemocí SARS-COV (omezeno na lidské buňky). Zaměřte se zejména na výsledky pro geny IFNB1 (interferon type I), NFKBIA, OAS1, OAS2.

2) Zobrazte abstraktní dráhu infekce SARS-COV-2 na portálu wikipathways a proklikejte se k dráze popisující reakci na imunitní odpověď prostřednictvím interferonů type I.

Označte (např. zakroužkujte) ty komponenty, o nichž jste našli evidenci zvýšené exprese při SARS-COV infekci v ArrayExpress.

3) Na webu geneontology.org proveďte analýzu nadreprezentace množiny nadexprimovaných genů z předchozí úlohy. Výsledek zpracujte formou textového souboru, v každém řádku uveďte příslušný GO proces (ID a název) a míru nadreprezentace (fold enrichment, omezte se na maximální hodnoty) v zadané množině genů.

Forma a způsob odevzdání výsledků: Do odevzdávány vložte zip balík obsahující -- 1) expresní data z ArrayExpressu (textový soubor "All normalized expressions for this experiment" profiltrovaný na vybranou množinu proteinů), 2) obrázek  wikipathways schématu ve formátu PNG, PDF nebo JPG, a 3) textový soubor výsledků GO enrichment analýzy.

Domácí cvičení 2 (max. 4 body; odevzdat do 3.4. 23:59)

V databázi Reactome vyhledejte SBGN diagram popisující signální dráhy interferonů alfa/beta v homo sapiens. 

1) Srovnejte diagram s WikiPathways (diagram https://www.wikipathways.org/pathways/WP4912.html) a stručně popište, jaký vidíte vztah mezi informacemi presentovanými v těchto diagramech. Výsledek vypracujte formou textového souboru.

2) V analýze genové exprese přímo v reactome (příslušný tab na "details" panelu) vyhledejte tkáně/orgány, v nichž je nadrepresentován protein OAS2 (exprese >65  TPM). Srovnejte s expresí genu OAS1 a diskutujte možnou korelaci mezi oběma geny. Diskusi přidejte do textového souboru.

Forma a způsob odevzdání výsledků: Do odevzdávány vložte textový soubor zahrnující odpovědi na oba příklady výše.