Podle míry autonomie jsou děleny do níže uvedených skupin.

1. Patriarchální církve (katolické)

Patriarchální zřízení (ecclesiae patriarchales) dává v katolické církvi velikou míru autonomie.

Koptská patriarchální církev

Koptská církev se pokoušela o jednotu s Římem už v roce 1273 a pak na florentském koncilu roku 1442, kde sice byla formálně nastolena unie, v praxi však nefungovala. V důsledku misijní činnosti františkánů vznikla malá skupina koptských katolíků, kteří měli od roku 1741 svého apoštolského vikáře. Formálně byl koptský katolický patriarchát vytvořen už v roce 1824, ale došlo k tomu v důsledku nedorozumění, a tak patriarcha jmenován nebyl. Patriarchát byl pak znovuustaven v roce 1895 a patriarcha jmenován o tři roky později. Současný patriarcha je ve funkci od roku 1986 a sídlí v Alexandrii. Věřících je celkem asi 200 000.

Melchitská patriarchální církev

Obnovení kontaktu melchitů v Antiochii s Římem spadá do konce 16. století. K růstu katolické komunity vedlo i pozdější působení kapucínů a jezuitů. V roce 1724 po smrti patriarchy byl sice zvolen prokatolický kandidát přijavší jméno Cyril VI., Konstantinopol jej však neuznal a jmenoval vlastního patriarchu. Patriarchu Cyrila ale uznal Řím a udělil mu v roce 1744 na znamení jednoty pálium. Od té doby existuje nepřerušená linie melchitských patriarchů. Melchitská církev je etnicky arabská, mnoho jejich věřících však žije v diaspoře. Patriarcha sídlí v Damašku a má titul Patriarcha Antiochie.

Maronitská patriarchální církev

Maronité jsou jedinou církví, která nemá svou nesjednocenou církev téže tradice. Původ této církve sahá do 5. století do kláštera sv. Marona. V 8. století si komunita kolem tohoto kláštera, oficiálně pod melchitským patriarchou, který ale často přebýval v Konstantinopoli, zvolila vlastního patriarchu. Poté však, co melchitský patriarcha chtěl tuto hierarchii kolem kláštera sv. Marona násilně sjednotit, prchli tito věřící do Libanonu, kde je centrum maronitské církve dodnes. Formálně byla obnovena jednota s Římem v roce 1182, podle maronitů však nebyla tato jednota nikdy přerušena. Patriarcha sídlí v Bkerké v Libanonu a má titul Patriarcha Antiochie. Mnoho maronitů je v diaspoře v Americe a Austrálii.

Syrská patriarchální církev

Současný syrský katolický patriarchát vznikl z církve jakobitů. První kontakty jakobitů s Římem sahají do doby křižáckých válek, syrská delegace byla přítomná i na florentském koncilu, ovšem tyto kontakty neměly delšího trvání. Série katolických patriarchů tak začíná až od roku 1783, kdy se alleppský metropolita po svém zvolení na patriarchu vyhlásil za katolíka a byl uznán papežem Piem IV. Sídlo patriarchy je v Bejrútu a má titul Patriarcha Antiochie. Obřad je antiochijský.

Chaldejská patriarchální církev

Chaldejská církev vznikla z potomků nestoriánů, z asyrské církve Východu. Od 13. století v ní působili katoličtí misionáři, což vedlo ke konverzím jak skupin věřících, tak hierarchie. Kyperská komunita nestoriánů se vrátila do katolické církve v roce 1340, později ale tato komunita zanikla. Na území Iráku, Iránu a Turecka byla funkce patriarchy od roku 1450 dědičná, což vedlo k rozporům. Na přelomu 18. a 19. století existovaly dvě linie katolického patriarchátu: patriarcha v Diarbekiru v dnešním Turecku a v Mossulu v dnešním Iráku. Po smrti patriarchy v Diarbekiru Svatý stolec přičlenil Diarbekir k Mossulu a v roce 1830 potvrdil mossulského patriarchu v úřadu. Mimo jednotu s Římem je jen malá část bývalých nestoriánů, kteří tvoří Asyrskou církev Východu. Chaldejský patriarcha sídlí v Bagdádu a má titul Patriarcha Babylónie.

Arménská patriarchální církev

První unii s Římem uzavřel kilíkijský katolikos v roce 1198 a tato unie trvala do roku 1375, kdy převládly protikatolické tendence. Další předpoklady pro sjednocení byly položeny na florentském koncilu. Fakticky k sjednocení s katolickou církví došlo však až v roce 1742, kdy se nově zvolený patriarcha odebral do Říma, kde byl potvrzen Benediktem XIV. Sídlo patriarchy je od roku 1928 v Bejrútu a patriarcha má titul Patriarcha Kilíkie.

2. Vrchní arcibiskupství

Církve arcibiskupské větší (Ecclesiae archiepiscopales maiores) se podobají patriarchální církvi co do struktury i autonomie, proto vše, co se týká patriarchálních církví, platí také pro církve arcibiskupské větší, jen s následujícími výjimka

• Vrchni arcibiskup je metropolita, který je v čele východní církve sui iuris, která nemá titul patriarchální církve
• Vrchni arcibiskup je volen stejně jako patriarcha, s tím rozdílem, že nežádá o communio jako patriarcha, ale žádá papeže o potvrzení svého zvolení. Nestačí tedy jen oznámení o volbě, ale vyžaduje se potvrzení volby, bez něhož je volba neplatná a musí se konat znovu.
• Vrchní arcibiskupové jsou co do čestné důstojnosti hned za patriarchy a v pořadí podle stáří svých církví.

3. Metropolitní církve sui iuris

Metropolitní církve sui iuris zahrnují několik eparchií (v západní terminologii: diecézí) pod autoritou metropolity - arcibiskupa. Autonomie těchto partikulárních církví je podstatně menší než patriarchálních církví.

V čele metropolitní církve sui iuris je metropolita, jmenovaný papežem.

4. Ostatní církve sui iuris

Jsou to ty církve, které nejsou ani patriarchální, ani vrchní arcibiskupské a ani metropolitní, a jsou svěřeny hierarchovi. Hierarchická struktura je stejná jako v latinské církvi. Tyto církve jsou bezprostředně podřízeny Apoštolskému stolci.