IV108 Bioinformatika II
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
IV108 Bioinformatika II
Info
Období
podzim 2011

Prednášející: Dr. Matej Lexa, FI C506.
Konzultační hodiny: Čt 13:00 - 15:00, nebo dle domluvy
Rozvrh: (podzim 2011) Út (17:00-17:50 B411, Čt 16:00-16:50 B116)

Kurz vyžaduje základní znalosti z bioinformatiky, elementární znalosti programování v libovolném jazyce (nejlépe C/Perl nebo C++/Python) a uživatelskou znalost OS UNIX.

Jedná se o předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl umožnit studentům pochopit a navrhovat vybrané algoritmy pro práci s biologickými sekvencemi a strukturami.

HLAVNÍ STUDIJNÍ LITERATURA

1) Jones, Pevzner (2004). An introduction to bioinformatics algorithms (prezencne knihovna FI) - KAPITOLY 1,4,6,8,9,11

DOPLŇKOVÁ LITERATURA

1) Deonier, Tavare, Waterman (2005). Computational genome analysis: an introduction (prezenčně knihovna FI nebo dokumentovy server)

Rozsah pro kurz:
37-45, 48-98 Words, word distributions and occurences
(143-192 Sequence alignment)
RNA structure prediction

2) Orengo, Jones, Thornton (2003). Bioinformatics: genes, proteins and computers (prezenčně knihovna FI

Rozsah pro kurz

(29-64 Sequence comparison methods)

81-150 Protein structure

3) Dan Gusfield (1997). Algorithms on strings, trees and sequences.

395-398, 437-442 CH16: Maps, mapping, sequencing and superstrings

ZÁKLADY BIOINFORMATIKY

Obzvlášť pokud jste neabsolvovali kurz IV107 můžou se Vám hodit některé kapitoly z učebnice tohoto předmětu:

1) Zvelebil, Baum (2008). Understanding bioinformatics (v knihovně).

---

Určené pasáže povinné a doplnkové literatury, prezentace z přednášek (PDF a PPT), obsah cvičení
(kromě dobrovolných příkladů na body) a materiály označené hvězdičkou jsou
povinnými materiály ke zkoušce.

Kapitola obsahuje:
1
PDF
4
Web
Učitel doporučuje studovat od 20. 9. 2011 do 26. 9. 2011.
Kapitola obsahuje:
2
PDF
1
Studijní materiály
3
Web
Učitel doporučuje studovat od 27. 9. 2011 do 3. 10. 2011.
Kapitola obsahuje:
6
Web
Učitel doporučuje studovat od 4. 10. 2011 do 10. 10. 2011.
Kapitola obsahuje:
2
Studijní materiály
5
Web
Učitel doporučuje studovat od 11. 10. 2011 do 17. 10. 2011.
Kapitola obsahuje:
8
Web
Učitel doporučuje studovat od 21. 10. 2010 do 27. 10. 2010.
Kapitola obsahuje:
9
Web
Učitel doporučuje studovat od 25. 10. 2011 do 1. 11. 2011.
Kapitola obsahuje:
1
Studijní materiály
2
Web
Kapitola obsahuje:
15
Web
Učitel doporučuje studovat od 2. 11. 2010 do 8. 11. 2010.
Kapitola obsahuje:
2
PDF
1
Studijní materiály
4
Web
Učitel doporučuje studovat od 9. 11. 2011 do 15. 11. 2011.
Kapitola obsahuje:
10
Web
Učitel doporučuje studovat od 18. 11. 2010 do 24. 11. 2010.
Kapitola obsahuje:
1
PDF
6
Web
Učitel doporučuje studovat od 22. 11. 2011 do 28. 11. 2011.
Kapitola obsahuje:
5
PDF
Učitel doporučuje studovat od 30. 11. 2011 do 6. 12. 2011.
Kapitola obsahuje:
1
Studijní text
Učitel doporučuje studovat od 9. 12. 2010 do 16. 12. 2010.
Předchozí