IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2024
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
St 25. 9. až St 18. 12. St 16:00–16:50 A319
Předpoklady
Od zájemců se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, případně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice (hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak). U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 36 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti bioinformatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou účasti na přednáškách externých hostů a studia vhodných vědeckých článků samotnými studenty.
Výstupy z učení
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní studii (z navržených článků nebo po konzultaci) z oblasti
  • Metody sekvenace DNA nanoporovým sekvenováním
  • Nástroje a algoritmy pro zpracování dlouhých sekvencí a sekvencí z nanopórového sekvenování
  • Genomické a biologické studie postaveny na sekvenování nanopórem
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
studentské prezentace a diskuze; přednášky zvaných odborníků
Metody hodnocení
Studentská prezentace nastudovaného materiálu; písemný souhrn obsahu přednášky
Navazující předměty
Informace učitele
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals covering bioinformatics (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2023
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
St 16:00–16:50 A319
Předpoklady
Od zájemců se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, případně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice (hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak). U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 85 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti bioinformatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou účasti na přednáškách externých hostů a studia vhodných vědeckých článků samotnými studenty.
Výstupy z učení
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní studii (z navržených článků nebo po konzultaci) z oblasti
  • Metody sekvenace DNA nanoporovým sekvenováním
  • Nástroje a algoritmy pro zpracování dlouhých sekvencí a sekvencí z nanopórového sekvenování
  • Genomické a biologické studie postaveny na sekvenování nanopórem
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
studentské prezentace a diskuze; přednášky zvaných odborníků
Metody hodnocení
Studentská prezentace nastudovaného materiálu; písemný souhrn obsahu přednášky
Navazující předměty
Informace učitele
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals covering bioinformatics (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2022
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Monika Čechová, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
St 16:00–16:50 A319
Předpoklady
Od zájemců se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, případně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice (hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak). U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 85 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti bioinformatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou účasti na přednáškách externých hostů a studia vhodných vědeckých článků samotnými studenty.
Výstupy z učení
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní studii (z navržených článků nebo po konzultaci) z oblasti
  • Metody sekvenace DNA nanoporovým sekvenováním
  • Nástroje a algoritmy pro zpracování dlouhých sekvencí a sekvencí z nanopórového sekvenování
  • Genomické a biologické studie postaveny na sekvenování nanopórem
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
studentské prezentace a diskuze; přednášky zvaných odborníků
Metody hodnocení
Studentská prezentace nastudovaného materiálu; písemný souhrn obsahu přednášky
Navazující předměty
Informace učitele
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals covering bioinformatics (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2023, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2021
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Monika Čechová, Ph.D. (přednášející)
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
St 15. 9. až St 8. 12. St 16:00–16:50 A319
Předpoklady
Od zájemců se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, případně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice (hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak). U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 85 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti bioinformatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou účasti na přednáškách externých hostů a studia vhodných vědeckých článků samotnými studenty.
Výstupy z učení
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní studii (z navržených článků nebo po konzultaci) z oblasti
  • Metody sekvenace DNA nanoporovým sekvenováním
  • Nástroje a algoritmy pro zpracování dlouhých sekvencí a sekvencí z nanopórového sekvenování
  • Genomické a biologické studie postaveny na sekvenování nanopórem
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
studentské prezentace a diskuze; přednášky zvaných odborníků
Metody hodnocení
Studentská prezentace nastudovaného materiálu; písemný souhrn obsahu přednášky
Navazující předměty
Informace učitele
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals covering bioinformatics (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2020
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Čt 11:00–11:50 C416
Předpoklady
Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, přpadně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 85 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Výstupy z učení
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
  • Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
  • Hodnocení podobnosti molekul
  • Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
studentské prezentace a diskuze
Metody hodnocení
Studentská prezentace nastudovaného materiálu
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2019
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Út 9:00–9:50 B411
Předpoklady
Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, přpadně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 85 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Výstupy z učení
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
  • Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
  • Hodnocení podobnosti molekul
  • Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
studentské prezentace a diskuze
Metody hodnocení
Studentská prezentace nastudovaného materiálu
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2018
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Po 17. 9. až Po 10. 12. Po 15:00–15:50 B411
Předpoklady
Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, přpadně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 48 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
  • Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
  • Hodnocení podobnosti molekul
  • Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
studentské prezentace a diskuze
Metody hodnocení
Studentská prezentace nastudovaného materiálu
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2017
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Po 8:00–9:50 C416
Předpoklady
Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, přpadně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 48 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
  • Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
  • Hodnocení podobnosti molekul
  • Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
studentské prezentace a diskuze
Metody hodnocení
Studentská prezentace nastudovaného materiálu
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2016
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Po 12:00–13:50 C525
Předpoklady
Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, přpadně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 48 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
  • Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
  • Hodnocení podobnosti molekul
  • Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
studentské prezentace a diskuze
Metody hodnocení
Studentská prezentace nastudovaného materiálu
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2015
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Čt 18:00–19:50 B411
Předpoklady
Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, přpadně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 48 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
  • Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
  • Hodnocení podobnosti molekul
  • Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
studentské prezentace a diskuze
Metody hodnocení
Studentská prezentace nastudovaného materiálu
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2014
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Pá 12:00–13:50 C511
Předpoklady
Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, přpadně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 47 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
  • Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
  • Hodnocení podobnosti molekul
  • Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
studentské prezentace a diskuze
Metody hodnocení
Studentská prezentace nastudovaného materiálu
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2013
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
IV105/01: Po 14:00–14:50 B411, M. Lexa
Předpoklady
Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, přpadně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 47 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
  • Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
  • Hodnocení podobnosti molekul
  • Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
studentské prezentace a diskuze
Metody hodnocení
Studentská prezentace nastudovaného materiálu
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2012
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Út 8:00–8:50 B411
Předpoklady
Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, přpadně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 47 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
  • Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
  • Hodnocení podobnosti molekul
  • Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
studentské prezentace a diskuze
Metody hodnocení
Studentská prezentace nastudovaného materiálu
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2011
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Po 9:00–9:50 B411
Předpoklady
Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 47 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
  • Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
  • Hodnocení podobnosti molekul
  • Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
studentské prezentace a diskuze
Metody hodnocení
Studentská prezentace nastudovaného materiálu
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2010
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Út 17:00–17:50 B411
Předpoklady
Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 45 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
  • Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
  • Hodnocení podobnosti molekul
  • Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
studentské prezentace a diskuze
Metody hodnocení
Studentská prezentace nastudovaného materiálu
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2009
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Út 17:00–17:50 B410
Předpoklady
Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 45 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
  • Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
  • Hodnocení podobnosti molekul
  • Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
studentské prezentace a diskuze
Metody hodnocení
Studentská prezentace nastudovaného materiálu
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2008
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Út 16:00–16:50 B204
Předpoklady
Od zájemců o tento silně mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 38 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence". Kurz se bude konat jednou týdně po 1 hodině, kolokvium získá každý student, který úspěšně odprezentuje nastudovanou metodu.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Metody hodnocení
Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů. Kolokvium absolvuje každý student, který úspěšně odprezentuje nastudovanou metodu.
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2007
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Út 17:00–17:50 B411
Předpoklady
Od zájemců o tento silně mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 38 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence". Kurz se bude konat jednou týdně po 1 hodině, kolokvium získá každý student, který odprezentuje nastudovanou metodu a získá nejméně 50% bodů na kontrolním testu.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
Metody hodnocení
Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů. Na konci kurzu absolvují studenti krátký kontrolní test. Kolokvium absolvuje každý student, který odprezentuje nastudovanou metodu a získá nejméně 50% bodů na kontrolním testu.
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2006
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Út 9:00–9:50 B411
Předpoklady
Od zájemců o tento silně mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 18 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence". Kurz se bude konat jednou týdně po 1 hodině, kolokvium získá každý student, který odprezentuje nastudovanou metodu a získá nejméně 50% bodů na kontrolním testu.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
Metody hodnocení
Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů. Na konci kurzu absolvují studenti krátký kontrolní test. Kolokvium absolvuje každý student, který odprezentuje nastudovanou metodu a získá nejméně 50% bodů na kontrolním testu.
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2005
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Út 11:00–11:50 B411
Předpoklady
Od zájemců o tento silně mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 18 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence". Kurz se bude konat jednou týdně po 1 hodině, kolokvium získá každý student, který odprezentuje nastudovanou metodu a získá nejméně 50% bodů na kontrolním testu.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
Metody hodnocení
Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů. Na konci kurzu absolvují studenti krátký kontrolní test. Kolokvium absolvuje každý student, který odprezentuje nastudovanou metodu a získá nejméně 50% bodů na kontrolním testu.
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2004
Rozsah
1/0/1. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: z.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. PhDr. Karel Pala, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Út 11:00–12:50 B411
Předpoklady
Od zájemců o tento silně mezioborový kurz se očekávají alespoň základní znalosti programování, popřípadě schopnost se je v průběhu semestru naučit (není náplní předmětu). Schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce je výhodou. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky. K programování a řešení problémů budou moci používat libovolný programovací jazyk a prostředí (nejčastěji užívanými a preferovanými jsou Perl a C/C++ pod Unixem).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 18 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Nový předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. Společným tématem semináře pro podzim 2004 je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence". Kurz se bude konat jednou týdně po 2 hodinách, zápočet s 2kr získá každý student, který úspěšně odprezentuje nastudovanou metodu a získá nejméně 50% bodů na kontrolních testech. Dalsi kredit ziskaji studenti za uspesne odprezentovani sveho programu.
Osnova
  • V úvodu budou studenti zasvěceni do základů molekulární biologie potřebných k další práci, jakožto i do specifik práce s biologickými daty, jako jsou biologické sekvence a struktury proteinů. V další fázi studenti relativně samostatně (maximálně ve dvou) nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury dle vlastního výběru. V závěru semináře budou studenti pracovat na vlastních algoritmech a jejich prezentaci ve formě studentské mini-konference (poster a 10-minutova prezentace funkčního programu). V závěru první a druhé části kurzu absolvují studenti krátký kontrolní test.
Metody hodnocení
Studenti relativně samostatně (maximálně ve dvou) nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury dle vlastního výběru. V závěru semináře budou studenti pracovat na vlastních algoritmech a jejich prezentaci ve formě studentské mini-konference (poster a 10-minutova prezentace funkčního programu). Po první a druhé části kurzu absolvují studenti krátký kontrolní test.
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
jaro 2005

Předmět se v období jaro 2005 nevypisuje.

Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. PhDr. Karel Pala, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Předpoklady
Od zájemců o tento silně mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětů IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 18 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence". Kurz se bude konat jednou týdně po 1 hodině, kolokvium získá každý student, který odprezentuje nastudovanou metodu a získá nejméně 50% bodů na kontrolním testu.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
Metody hodnocení
Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů. Na konci kurzu absolvují studenti krátký kontrolní test. Kolokvium absolvuje každý student, který odprezentuje nastudovanou metodu a získá nejméně 50% bodů na kontrolním testu.
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.