IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2017
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat - Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat - Fakulta informatiky
Rozvrh
Po 8:00–9:50 C416
Předpoklady
Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, přpadně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 48 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.
Osnova
  • Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
  • Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
  • Hodnocení podobnosti molekul
  • Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008. xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
studentské prezentace a diskuze
Metody hodnocení
Studentská prezentace nastudovaného materiálu
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022.