IV108 Bioinformatika II

Fakulta informatiky
podzim 2017
Rozsah
1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat - Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat - Fakulta informatiky
Rozvrh
Út 10:00–11:50 B116
Předpoklady
U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory
předmět má 48 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA a práci s výslednými daty
Osnova
  • 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
  • 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
  • 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
  • 4. Nové metody sekvenování DNA a další zpracování sekvencí
  • 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
  • 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů
Literatura
  • BAUM, Jeremy O. Understanding bioinformatics. Edited by Marketa J. Zvelebil. New York, N.Y.: Garland Science, 2008. xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
  • JONES, Neil C. a Pavel PEVZNER. An introduction to bioinformatics algorithms. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2004. xviii, 435. ISBN 0262101068. info
Výukové metody
přednášky a cvičení
Metody hodnocení
Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/podzim2017/IV108

Nahoru | Aktuální datum a čas: 18. 11. 2017 22:23, 46. (sudý) týden

Kontakty: istech(zavináč/atsign)fi(tečka/dot)muni(tečka/dot)cz, studijní odd., správci práv, is-technici, e-technici, IT podpora | Použití cookies | Více o Informačním systému