PA055 Vizualizace bioinformatických dat

Fakulta informatiky
podzim 2026
Rozsah
1/1. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Předpoklady
Základní znalosti programování a zájem o práci v prostředí R a Bioconductor.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 76 mateřských oborů, zobrazit
Anotace
Studenti se seznámí s komplexními typy dat zejména v bioinformatice, způsoby jejich vizualizace na praktických příkladech v jazyce R a Processing nebo z vědecké literatury.
Výstupy z učení
Na konci kurzu studenti dokáží:
vysvětlit základní principy a cíle vizualizace
připravit bioinformatická data pro vizualizaci
zhodnotit existující vizualizaci z hlediska vhodnosti zvolených prostředků
použít nástroje pro reprodukovatelné výpočetní postupy
vytvořit vlastní statickou nebo interaktivní vizualizaci zvolených bioinformatických dat
Klíčová témata
  • 1.Úvod do vizualizace dat
  • 2.Výpočtové prostředí R a jeho vizualizační nástroje
  • 3. Reprodukovatelné výpočty s využitím git a make/nextflow
  • 4.Potřeba vizualizace a druhy dat v bioinformatice a systémové biologii
  • 5.Předzpracování dat (odhad a redukce dimenzí, PCA, shlukování, metriky pro výpočet podobnosti, vícerozměrné škálování)
  • 6.Přehled vizualizačních technik (souřadnicové grafy, histogramy, stromy a jiné grafy, mapy, hybridní vizualizace)
  • 7.Vizualizace v bioinformatice, systémové biologii (genomy a proteomy, měření exprese, ontologie, signální a metabolické dráhy)
Studijní zdroje a literatura
  • Handbook of data visualization. Edited by Chun-houh Chen - Wolfgang Härdle - Antony Unwin. Berlin: Springer, 2008, xiii, 936. ISBN 9783540330370. info
  • MACLEAN, Dan. R Bioinformatics Cookbook: Use R and Bioconductor to perform RNAseq, genomics, data visualization, and bioinformatic analysis. 2nd edition. Packt Publishing, 2023. ISBN 978-1-83763-427-9. info
Přístupy, postupy a metody používané ve výuce
přednášky, cvičení, krátké studentské prezentace
Způsob ověření výstupů z učení a požadavky na ukončení
hodnocené úkoly, skupinový projekt a písemná zkouška
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/podzim2026/PA055