Informace o předmětu

PA183 Projekt ze systémové biologie

Rozsah

0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučováno prezenčně.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník)

Garance

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 29 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu.

Osnova

• Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
• Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
• Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
• Závěrečná presentace.

Literatura

doporučená literatura
• KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

neurčeno
• KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
• VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

PA183 Projekt ze systémové biologie

Rozsah

0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučováno prezenčně.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník)

Garance

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

St 10:00–11:50 A418

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 70 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu.

Osnova

• Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
• Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
• Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
• Závěrečná presentace.

Literatura

doporučená literatura
• KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

neurčeno
• KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
• VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

PA183 Projekt ze systémové biologie

Rozsah

0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučováno prezenčně.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník)

Garance

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 12:00–13:50 A418

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 70 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu.

Osnova

• Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
• Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
• Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
• Závěrečná presentace.

Literatura

doporučená literatura
• KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

neurčeno
• KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
• VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

PA183 Projekt ze systémové biologie

Rozsah

0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučováno prezenčně.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník)

Garance

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Čt 16. 9. až Čt 9. 12. Čt 10:00–11:50 A418

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 69 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu.

Osnova

• Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
• Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
• Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
• Závěrečná presentace.

Literatura

doporučená literatura
• KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

neurčeno
• KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
• VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

PA183 Projekt ze systémové biologie

Rozsah

0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučováno online.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník)

Garance

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Čt 12:00–13:50 A418

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 69 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu.

Osnova

• Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
• Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
• Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
• Závěrečná presentace.

Literatura

doporučená literatura
• KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

neurčeno
• KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
• VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

PA183 Projekt ze systémové biologie

Rozsah

0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník)

Garance

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

St 16:00–17:50 A418

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 69 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu.

Osnova

• Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
• Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
• Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
• Závěrečná presentace.

Literatura

doporučená literatura
• KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

neurčeno
• KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
• VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován naposledy.

PA183 Projekt ze systémové biologie

Rozsah

0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník)

Garance

doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 40 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu.

Osnova

• Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
• Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
• Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
• Závěrečná presentace.

Literatura

doporučená literatura
• KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

neurčeno
• KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
• VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

PA183 Projekt ze systémové biologie

Rozsah

0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník)

Garance

doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Po 17:00–19:50 A418

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 40 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu.

Osnova

• Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
• Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
• Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
• Závěrečná presentace.

Literatura

doporučená literatura
• KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

neurčeno
• KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
• VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

PA183 Projekt ze systémové biologie

Rozsah

0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník)

Garance

doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh seminárních/paralelních skupin

PA183/OS01: Čt 14:00–16:50 A418, D. Šafránek

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 40 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Osnova

• Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
• Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
• Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
• Závěrečná presentace.

Literatura

doporučená literatura
• KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

neurčeno
• KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
• VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

PA183 Projekt ze systémové biologie

Rozsah

0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh seminárních/paralelních skupin

PA183/OS01: Čt 16:00–17:50 A418, D. Šafránek

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 40 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Osnova

• Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
• Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
• Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
• Závěrečná presentace.

Literatura

doporučená literatura
• KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

neurčeno
• KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
• VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

PA183 Projekt ze systémové biologie

Rozsah

0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh seminárních/paralelních skupin

PA183/OS01: St 16:00–17:50 A418, D. Šafránek

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 39 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Osnova

• Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
• Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
• Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
• Závěrečná presentace.

Literatura

doporučená literatura
• KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

neurčeno
• KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
• VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

PA183 Projekt ze systémové biologie

Rozsah

0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh seminárních/paralelních skupin

PA183/OS01: Čt 16:00–17:50 C516, D. Šafránek

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 39 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Osnova

• Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
• Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
• Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
• Závěrečná presentace.

Literatura

doporučená literatura
• KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

neurčeno
• KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
• VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

PA183 Projekt ze systémové biologie

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Pá 12:00–13:50 C516

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 42 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Osnova

• Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
• Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
• Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
• Závěrečná presentace.

Literatura

doporučená literatura
• KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

neurčeno
• KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
• VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

PA183 Projekt ze systémové biologie

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 16:00–17:40 C516

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 42 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Osnova

• Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
• Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
• Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
• Závěrečná presentace.

Literatura

doporučená literatura
• KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

neurčeno
• KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
• VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

PA183 Projekt ze systémové biologie

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.

Rozvrh

Pá 12:00–13:50 C518

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 40 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Osnova

• Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
• Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
• Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
• Závěrečná presentace.

Literatura

doporučená literatura
• KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

neurčeno
• KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
• VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

PA183 Projekt ze systémové biologie

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.

Rozvrh

Pá 12:00–13:50 B411

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 40 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Osnova

• Shrnutí základních pojmů
• Zadání témat projektů
• Realizace projektů
• Závěrečná presentace

Literatura

• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

PA183 Projekt ze systémové biologie

Předmět se v období jaro 2023 nevypisuje.

Rozsah

0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučováno prezenčně.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník)

Garance

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 69 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu.

Osnova

• Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
• Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
• Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
• Závěrečná presentace.

Literatura

doporučená literatura
• KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

neurčeno
• KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
• VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

PA183 Projekt ze systémové biologie

Předmět se v období jaro 2022 nevypisuje.

Rozsah

0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučováno prezenčně.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník)

Garance

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 69 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu.

Osnova

• Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
• Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
• Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
• Závěrečná presentace.

Literatura

doporučená literatura
• KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

neurčeno
• KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
• VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

PA183 Projekt ze systémové biologie

Předmět se v období jaro 2021 nevypisuje.

Rozsah

0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník)

Garance

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 69 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu.

Osnova

• Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
• Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
• Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
• Závěrečná presentace.

Literatura

doporučená literatura
• KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

neurčeno
• KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
• VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

PA183 Projekt ze systémové biologie

Předmět se v období jaro 2020 nevypisuje.

Rozsah

0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník)

Garance

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Předpoklady

Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 69 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu.

Osnova

• Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
• Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
• Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
• Závěrečná presentace.

Literatura

doporučená literatura
• KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info

neurčeno
• KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
• VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info

Výukové metody

skupinové projekty, jejich presentace, diskuse

Metody hodnocení

závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

• Statistika zápisu (podzim 2024, nejnovější)