PA183 Projekt ze systémové biologie

Fakulta informatiky
jaro 2011
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat - Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Rozvrh
Pá 12:00–13:50 C518
Předpoklady
Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory
předmět má 40 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu
Osnova
  • Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
  • Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
  • Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
  • Závěrečná presentace.
Literatura
    doporučená literatura
  • KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005. xix, 465. ISBN 3527310789. info
  • Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001. xx, 336. ISBN 0262524236. info
    neurčeno
  • KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009. xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
  • VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006. xii, 309. ISBN 0898716128. info
  • ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. : Chapman & Hall/Crc, 2006. info
Výukové metody
skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
Metody hodnocení
závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2010, jaro 2012, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017.

Nahoru | Aktuální datum a čas: 25. 7. 2017 12:45, 30. (sudý) týden

Kontakty: istech(zavináč/atsign)fi(tečka/dot)muni(tečka/dot)cz, studijní odd., správci práv, is-technici, e-technici, IT podpora | Použití cookies | Více o Informačním systému