FI:PV225 Exkurze do bio laboratoří - Informace o předmětu

PV225 Exkurze do biologických laboratoří

Rozsah

1/2/0. 3 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: z.
Vyučováno kontaktně

Vyučující

doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Předpoklady

Předmět nemá žádné specifické prerekvizity. Předpokládán je zájem studentů o mezioborové disciplíny kombinující informatiku a biologii.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 10/10, pouze zareg.: 0/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10

Mateřské obory/plány

předmět má 33 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Po absolvování kurzu studenti získají následující dovednosti:
základní ponětí o problematice řešené v mikrobiální syntetické biologii; přehled experimentálních měřících technik; praktické schopnosti identifikace výpočetních modelů z naměřených dat.

Výstupy z učení

Po absolvování kurzu studenti získají následující dovednosti:
- interpretovat základní problémy řešené v oblasti mikrobiální syntetické biologie;
- řešit problém identifikace parametrů modelu z experimentálních dat;
- vybrat a použít vhodný nástroj pro identifikaci parametrů;
- zpracovat sadu experimentálních dat pro použití ve vhodném nástroji.

Osnova

• I Systémová biologie
• I.1 Pojem modelu (shrnutí; biologický proces jako systém; výpočetní modely)
• I.2 Role výpočetní systémové biologie v mikrobiální biologii (výpočetní modely metabolismu bakterií a jejich využití)
• I.3 Problém identifikace výpočetních modelů z různých typů dat (identifikace struktury; identifikace kinetických parametrů; statistické metody praktické identifikace)
• II Exkurze do mikrobiální syntetické biologie
• II.1 Metabolomika bakterií (metabolické procesy bakterií a jejich využití; růst populace; extremofilní organismy a jejich výhody)
• II.2 Experimentální techniky (měření růstu buněčné populace v bioreaktoru; technologie plazmidů)
• II.3 Sběr a analýza růstových dat

Literatura

• Metabolomics : a powerful tool in systems biology. Edited by Jens Nielsen - Michael C. Jewett. Berlin: Springer, 2007, xv, 284. ISBN 9783540747185. info
• Metabolome analyses : strategies for systems biology. Edited by Seetharaman Vaidyanathan - George G. Harrigan - Royston Goodacre. New York: Springer, 2005, xix, 390. ISBN 0387252398. info
• Metabolomics : the frontier of systems biology. Edited by Masaru Tomita - Takaaki Nishioka. Tokyo: Springer, 2005, viii, 256. ISBN 4431251219. info

Výukové metody

blokové přednášky a praktická cvičení; exkurze do vybraných experimentálních laboratoří

Metody hodnocení

studentské projekty, závěrečné zprávy o provedených experimentech. V případě online výuky, kdy je nemožné navštěvovat laboratoře, je ukončení redukováno na 1 studentský projekt z teoretické části sylabu.

Navazující předměty

• PA183 Exercises in Systems Biology

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~xsafran1/PV225/
Výuka probíhá blokově, pro semestr podzim 2025 je vymezen první blok 15.12.2025 9-15 v A417. Termíny exkurzních bloků budou specifikovány během první poloviny semestru.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.

• Statistika zápisu (nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/podzim2025/PV225