IV121 Vybrané aplikace informatiky v biologii

Fakulta informatiky
jaro 2013
Rozsah
2/1. 3 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Sven Dražan (cvičící)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat - Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat - Fakulta informatiky
Rozvrh
Út 8:00–10:50 B116
Předpoklady
Předmět nemá žádné specifické předpoklady, cílem je seznámit studenty a mladé vědce oborů živých věd s možnostmi aplikací informatiky.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory
Cíle předmětu
Předmět si klade za cíl přemostit vybrané teoretické problémy z oblasti informatiky s praktickými potřebami biologů, zejména v oblasti genetiky, molekularni biologie, genomiky, proteomiky, bioinformatiky a systémové biologie. Cílem je oslovit studenty přírodních věd a přiblížit jim teoretické pozadí vybraných aplikací informatiky a výpočetní techniky v biologii.
Absolvováním kurzu bude student schopen:
porozumět významu informatiky pro biologii a biomedicínské obory;
vytvořit si ucelený přehled relevantních nástrojů a technik aplikované informatiky;
základní znalost každého z probíraných nástrojů (schopnost spustit a mít ponětí o základních funkcích).
Osnova
  • 1. Úvod do bioinformatiky a systémové biologie
  • 2. Diskrétní dynamické modely a jejich analýza; cvičení: NetLogo, SPiM
  • 3. Spojité dynamické modely a jejich analýza; cvičení: Stella, COPASI
  • 4. Regulační, metabolické a signální sítě; cvičení Cytoscape, Biocarta
  • 5. Podobnostní metriky a vyhledávání; cvičení: MS, VMATCH
  • 6. Práce se sekvenačnímy daty z NGS
  • 7. 3D geometrie, CSG; cvičení: PovRay, Pymol/Chimera
  • 8. Závěrečná přednáška a diskuse
Literatura
  • KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005. xix, 465. ISBN 3527310789. info
Výukové metody
Výuka je členěna do několika tematických bloků, ve kterých proběhne přednáška přibližující teoretická východiska v dané oblasti a cvičení seznamující studenty s postupy přímo využitelnými ve vědeckě či jiné praxi. Jednotlivá cvičení budou založena na práci s 1-2 výpočetními nástroji.
Metody hodnocení
Předmět je zakončen zkouškou, alternativně kolokviem (závěrečný písemný test znalostí na přehledové úrovni).
Informace učitele
Po dohodě s přednášejícími lze absolvovat posluchačem zvolené tematické bloky.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2012, jaro 2014, jaro 2016, jaro 2018.

Nahoru | Aktuální datum a čas: 25. 7. 2017 12:45, 30. (sudý) týden

Kontakty: istech(zavináč/atsign)fi(tečka/dot)muni(tečka/dot)cz, studijní odd., správci práv, is-technici, e-technici, IT podpora | Použití cookies | Více o Informačním systému