FI:PV225 Exkurze do bio laboratoří - Informace o předmětu

PV225 Exkurze do biologických laboratoří

Rozsah

1/2/0. 3 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: z.
Vyučováno kontaktně

Vyučující

doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 15. 9. až Út 15. 12. Út 18:00–19:50 A217

Předpoklady

Předmět nemá žádné specifické prerekvizity. Předpokládán je zájem studentů o mezioborové disciplíny kombinující informatiku a biologii.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 40 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 32/40, pouze zareg.: 0/40, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/40

Mateřské obory/plány

předmět má 33 mateřských oborů, zobrazit

Anotace

Cílem kurzu je umožnit studentům bioinformatiky nahlédnout do vybraných experimentálních a výzkumných laboratoří a seznámít se tak s různými aspekty aplikace bioinformatiky.

Výstupy z učení

Po absolvování kurzu studenti získají následující znalosti:

• základní představa o vybraných  experimentálních laboratorních technikách; 
  
• základní ponětí o kontextu různých aplikačních oblastí bioinformatiky: mikrobiální syntetická biologie, biotechnologie, analýza struktur a sekvencí, systémová biologie; 
  
• představa o uplatnění výpočetních modelů.
  

Klíčová témata

• I Výpočetní systémová biologie
• I.1 Pojem modelu (shrnutí; biologický proces jako systém; výpočetní modely)
• I.2 Role výpočetní systémové biologie v mikrobiální biologii (výpočetní modely metabolismu bakterií a jejich využití)
• I.3 Problém identifikace výpočetních modelů z různých typů dat 
• II Exkurze do mikrobiální syntetické biologie
• II.1 Metabolomika bakterií (metabolické procesy bakterií a jejich využití; růst populace; extremofilní organismy a jejich výhody)
• II.2 Experimentální techniky (měření růstu buněčné populace v bioreaktoru; technologie plazmidů)
• II.3 Sběr a analýza růstových dat

Dle možností aktuálního semestru proběhnou exkurze do několika vybraných experimentálních laboratoří, kde se studenti seznámí s konkrétními výzkumnými tématy a získají základní představu o používaných metodách.

Studijní zdroje a literatura

• Metabolomics : a powerful tool in systems biology. Edited by Jens Nielsen - Michael C. Jewett. Berlin: Springer, 2007, xv, 284. ISBN 9783540747185. info
• Metabolomics : the frontier of systems biology. Edited by Masaru Tomita - Takaaki Nishioka. Tokyo: Springer, 2005, viii, 256. ISBN 4431251219. info
• Metabolome analyses : strategies for systems biology. Edited by Seetharaman Vaidyanathan - George G. Harrigan - Royston Goodacre. New York: Springer, 2005, xix, 390. ISBN 0387252398. info

Přístupy, postupy a metody používané ve výuce

blokové přednášky a praktická cvičení; exkurze do vybraných experimentálních laboratoří

Způsob ověření výstupů z učení a požadavky na ukončení

aktivní účast na exkurzích, vyplnění závěrečného odpovědníku zahrnujícího přehled získaných znalosti a zpětnou vazbu

Navazující předměty

• PA183 Exercises in Systems Biology

Odkaz a informace vyučujících

Výuka probíhá blokově, v semestru podzim 2026 proběhne zahajovací přednáška 22.9.2026 18-20 v A217. Termíny exkurzních bloků budou postupně upřesňovány a zveřejněny v záhlaví interaktivní osnovy.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

• Statistika zápisu (nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/podzim2026/PV225