Bi7201c Základy genomiky - cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2012
Rozsah
0/3/0. 3 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (cvičící)
Ing. Šárka Michlíčková (cvičící)
RNDr. Alena Kuderová, CSc. (cvičící)
Mgr. Markéta Pernisová, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Hana Konečná (cvičící)
Mgr. Tereza Dobisová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Vojtěch Didi (cvičící)
Ing. Vendula Hrdinová (cvičící)
Ing. Hana Zimová (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi7201c/Bi7201c_beh01: Rozvrh nebyl do ISu vložen. T. Dobisová, J. Hejátko, H. Konečná, A. Kuderová, E. Nejedlá, M. Pernisová
Bi7201c/Bi7201c_beh02: Rozvrh nebyl do ISu vložen. T. Dobisová, J. Hejátko, H. Konečná, A. Kuderová, E. Nejedlá, M. Pernisová
Bi7201c/Bi7201c_beh03: Rozvrh nebyl do ISu vložen. T. Dobisová, J. Hejátko, H. Konečná, A. Kuderová, E. Nejedlá, M. Pernisová
Předpoklady
NOW ( Bi7201 Genomika ) || NOW ( CG020 Genomika )
Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie a genetiky.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 2/36, pouze zareg.: 0/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Jiné omezení: pro zápis do cvičení je nutné absolvování teoretické přednášky Bi7201
Mateřské obory
předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Studenti získají praktické zkušenosti se základními metodami funkční genomiky, t.j. především metody identifikace inzerčních mutantů pomocí PCR: Od navržení primeru, jejich přípravy pomocí syntézy DNA, provedení vlastní PCR reakce, identifikace PCR produktů na gelu a potvrzení specificitry produktů pomocí Southern blot a hybridizace se značenou sondou až po fragmentační analýzu na automatickém sekvenátoru. Práce probíhá ve skupinách po 2 a každý si tak může prakticky vyzkoušet samostatný přístup jak k plánování experimentu, tak i jeho provedení. Na konci tohoto kurzu získají studenti přehled o základních přístupech funkční genomiky, které budou schopni využít při řešení problémů vlastní odborné praxe.
Osnova
  • Design sekvence oligonukleotidů
  • Syntéza oligonukleotidů
  • Analýza genové exprese pomocí transkripční fůze
  • Izolace rostlinné genomové DNA
  • Identifikace inzerčního mutanta pomocí PCR
  • Práce s databázemi molekulárně-biologických informací
  • Přenos DNA na membránu, příprava značené sondy a hybridizace
  • Detekce hybridizované sondy
  • Fragmentační analýza
Literatura
  • Functional genomics : methods and protocols. Edited by Michael J. Brownstein - Arkady B. Khodursky. Totowa, N.J.: Humana Press, 2003. xii, 258. ISBN 1588292916. info
  • Plant functional genomics. Edited by Erich Grotewold. Totowa, N.J.: Humana Press, 2003. xv, 449 s. ISBN 1588291456. info
Výukové metody
Praktické řešení problémů demonstrujících využití základních nástrojů funkční genomiky.
Metody hodnocení
Ukončení kurzu formou kolokvia. Úspěšné zakončení je podmíněno včasným dodáním všech požadovaných protokolů a absolvováním závěrečného pohovoru.
Navazující předměty
Informace učitele
Výuka předmětu "Bi7201c Základy genomiky, cvičení", proběhne v podzimním semestru 2012 blokově ve třech bězích a to až během zkouškového období (jiný termín není bohužel z důvodu vnitřníéch předpisů fakulty možný) a to v termínech 7.-11.1. 2013, 14.1.-18.1. 2013 a 21.-25.1. 2013). Na jednotlivé běhy jsem vypsal seminární skupiny, do kterých se přihlašte tak, jak vám to bude časově lépe vyhovovat. Připomínám, že NUTNOU podmínkou možnosti abslovovat cvičení je současný zápis nebo předchozí absolvování předmětu CG020 Genomika nebo Bi7201 Základy genomiky (blíže viz stránky předmětu).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2012/Bi7201c

Nahoru | Aktuální datum a čas: 12. 11. 2018 21:14, 46. (sudý) týden

Kontakty: istech(zavináč/atsign)fi(tečka/dot)muni(tečka/dot)cz, studijní odd., správci práv, is-technici, e-technici, IT podpora | Použití cookies | Více o Informačním systému