Bi9060 Bioinformatika II – proteiny

Přírodovědecká fakulta
podzim 2018
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Ing. RNDr. Martin Marek, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Jan Štourač (cvičící)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 17. 9. až Pá 14. 12. Út 11:00–12:50 A11/306
Předpoklady
( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && ( NOW ( Bi5000 Bioinformatika I ) || SOUHLAS ) && ! C9080 Bioinformatics
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory
předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc. The students will be able to understand the basic principles of bioinformatics and to use basic tools and databases for solving practical problems. They will be able to handle different types of data by analogy with examples learned during the course.
Osnova
  • I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination
  • II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy
  • III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the World Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ
  • IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases
  • V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases
  • VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases
  • VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis
  • VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching
  • IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching
  • X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why to search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models
  • XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages
  • XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes
  • XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis
  • XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling
Literatura
  • Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.
Výukové metody
lectures and class discussions
Metody hodnocení
Written test: 25 questions Minimum correct answers for passed: 17
Navazující předměty
Informace učitele
http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010 - akreditace, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2018/Bi9060