C2132 Úvod do bioinformatiky - seminář

Přírodovědecká fakulta
jaro 2020
Rozsah
0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Josef Houser, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
C2132/01: Po 17. 2. až Pá 15. 5. Čt 14:00–14:50 A9-316, J. Houser, L. Malinovská
C2132/02: Po 17. 2. až Pá 15. 5. Čt 15:00–15:50 A9-316, J. Houser, L. Malinovská
C2132/03: Po 17. 2. až Pá 15. 5. Čt 13:00–13:50 A9-316, J. Houser, L. Malinovská
Předpoklady
Základní znalosti o biomakromolekulách (proteiny, nukleové kyseliny).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Cílem předmětu je praktické procvičení znalostí získaných v předmětu C2131 Úvod do bioinformatiky.
Výstupy z učení
Student bude na konci kurzu schopen: 1) Predikovat geny v DNA sekvenci. 2) Pracovat se sekvencemi proteinů a DNA. 3) Využívat predikční nástroje. 4) Využívat vizualizační nástroje.
Osnova
  • 1) Základní zdroje bioinformatických dat.
    2) Genetická informace, genetický kód, kodonová tabulka. Překlad DNA sekvence.
    3) Názvosloví aminokyselin a zkratky – třípísmenné, jednopísmenné.
    4) Alignment. Matice. Lokální, globální alignment.
    5) Identifikace ORF v sekvenci.
    6) Identifikace palindromů v sekvenci.
    7) RNA.
    8) Distanční matice. Tvorba fylogenetických stromů.
    9) Základní vlastnosti proteinů. Predikční nástroje.
    10) Predikce sekundární struktury proteinu.
    11) Bioinformatické nástroje pro predikci glykosylace.
    12-13) Exkurze.
Výukové metody
Skupinové řešení úkolů, domácí úkoly.
Metody hodnocení
Závěrečný písemný test.
Další komentáře
Studijní materiály

  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2020/C2132