C2132 Úvod do bioinformatiky - seminář

Přírodovědecká fakulta
jaro 2021
Rozsah
0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Josef Houser, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 1. 3. až Pá 14. 5. Čt 15:00–15:50 online_BCH5, Čt 15:00–15:50 online_BCH5
Předpoklady
Základní znalosti o biomakromolekulách (proteiny, nukleové kyseliny).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Cílem předmětu je praktické procvičení znalostí získaných v předmětu C2131 Úvod do bioinformatiky.
Výstupy z učení
Student bude na konci kurzu schopen: 1) Predikovat geny v DNA sekvenci. 2) Pracovat se sekvencemi proteinů a DNA. 3) Využívat predikční nástroje. 4) Využívat vizualizační nástroje.
Osnova
1) Základní zdroje bioinformatických dat.
2) Genetická informace, genetický kód, kodonová tabulka. Překlad DNA sekvence.
3) Názvosloví aminokyselin a zkratky – třípísmenné, jednopísmenné.
4) Alignment. Matice. Lokální, globální alignment.
5) Identifikace ORF v sekvenci.
6) Identifikace palindromů v sekvenci.
7) RNA.
8) Distanční matice. Tvorba fylogenetických stromů.
9) Základní vlastnosti proteinů. Predikční nástroje.
10) Predikce sekundární struktury proteinu.
11) Bioinformatické nástroje pro predikci glykosylace.
12-13) Exkurze.
Výukové metody
Skupinové řešení úkolů, domácí úkoly.
Metody hodnocení
Závěrečný písemný test.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2020, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025, jaro 2026.