PřF:C3210 Strukturní bioinformatika - Informace o předmětu

C3210 Strukturní bioinformatika

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně

Vyučující

Mgr. Josef Houser, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Filip Melicher (přednášející)
MVDr. Eva Paulenová, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Čt 15:00–15:50 C04/118

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Aplikovaná biochemie (program PřF, B-BIC)
• Biochemie (program PřF, B-BIC)
• Bioinformatika (program PřF, B-BIC)

Cíle předmětu

Cílem předmětu je seznámit studenty se strukturními motivy bílkovin a nukleových kyselin, s metodami pro stanovení 3D struktury proteinů, s fyzikálně-chemickými principy interakcí v proteinech a využití těchto znalostí pro návrh biologicky aktivních molekul.

Výstupy z učení

Po úspěšném ukončení kurzu bude student schopen: popsat základní strukturní motivy bílkovin a nukleových kyselin; ovládat teoretické principy metod pro předpovídání 3D struktury proteinů; vysvětlit podmíněnost funkce biopolymerů jejich 3D strukturou; demonstrovat praktickou použitelnost výše uvedených principů pro návrhy nových biologicky aktivních molekul.

Osnova

• 1. Úvod, definice pojmu, náplň předmětu, vztah strukturní bioinformatiky k ostatním vědním disciplínám 2. Struktura proteinů, struktura nukleových kyselin, strukturní motivy 3. Membránové proteiny, signální sekvence, transmembránové oblasti, topologie 4. Struktura sacharidů, oligo- a polysacharidy, zápis sekvence sacharidů, 3D struktura, struktura lipidů 5. Experimentální metody pro určení struktury, difrakční metody, NMR, elektronová mikroskopie 6. Strukturní data, surová data, zpracovaná data, formáty uložení, PDB, CIF, strukturní databáze 7. Validace strukturních dat, kvalita dat, R-faktor, B-faktor, Ramachandranův diagram 8. Predikce struktury proteinů, ab initio modelování, homologní modelování, threading 9. Interakce proteinů s malými molekulami, molekulární dokování 10. Interakce proteinů s makromolekulami, interaktom 11. Proteinové inženýrství, design mutací, stabilita proteinů 12. Návrh léčiv, in silico screening

Literatura

• Structural bioinformatics. Edited by Philip E. Bourne - Helge Weissig. Hoboken, N.J.: Wiley-Liss, 2003, xix, 649. ISBN 0471201995. info

Výukové metody

Teoretická příprava formou přednášky. Nebude-li možná prezenční výuka z důvodů epidemické situace, bude výuka probíhat prostřednictvím videí - ozvučených slajdů.

Metody hodnocení

Ústní zkouška. Předmět je možno ukončit i formou kolokvia.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

• Statistika zápisu (nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2024/C3210