C9925 Introduction to soft matter models of membranes and proteins

Přírodovědecká fakulta
jaro 2020
Rozsah
2/0. 2 kr. (plus 1 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Robert Vácha, PhD. (přednášející)
Mgr. Miroslav Jurásek (pomocník)
Mgr. Ivo Kabelka (pomocník)
Garance
doc. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Calculus and physical chemistry at basic university level (Základní znalosti matematiky a fyzikální chemie vysokoškolské úrovně)
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory
předmět má 34 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
The course is focused on basics of coarse-grained models and their development. It also includes classification of models, their basic thermodynamics’ considerations, and commonly used Monte Carlo methods in their simulations.
The main objective of the course is to provide the students with:
- ability to classify and develop basic coarse-grained models
- describe and explain fundamental interactions in biomolecules
- introduction of soft matter
Výstupy z učení
Student will be able to:
- analyze existing coarse grained models or develop a basic new ones
- identify a method and level of coarse graining in existing soft matter models
- calculate protein-protein, protein-membrane, and membrane-membrane interaction strengths and their distance dependence
- understand methods and phenomena in soft matter
Osnova
  • 1) Introduction to coarse grained models
  • 2) Ideal chain approximation
  • 3) Ideal thin membrane
  • 4) Interaction of uncharged membrane and proteins
  • 5) Interaction of charged membrane and proteins I
  • 6) Interaction of charged membrane and proteins II
  • 7) Thermodynamic principles of self assembly
  • 8) Langmuir adsorption and grand canonical ensemble
  • 9) Dynamics and transport
  • 10) Advanced Monte Carlo
Literatura
  • Intermolecular and Surface Forces 3rd edition by Jacob N. Israelachvili; Academic Press 2010
  • Giant Molecules: Here, There, and Everywhere 2nd edition by Alexander Y. Grosberg et al.; World Scientific Press 2010
  • Soft Condensed Matter Physics in Molecular and Cell Biology by W.C.K. Poon and D. Andelman; Taylor & Francis 2006
Výukové metody
Study of the provided literature, presentation and discussion at the classes
Metody hodnocení
One multiple choice test - about 20 questions with multiple correct answer possibility. Correct answer is +1 point, wrong answer is -1/2 point. Minimum to pass is 50% of available points.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2020/C9925