C2137 Pokročilá chemoinformatika - seminář

Přírodovědecká fakulta
jaro 2008 - akreditace
Rozsah
0/1. Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (zástupce)
Garance
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
NOW ( C2136 Pokročilá chemoinformatika )
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
V semináři studenti získají praxi s nástroji pro zpracování 2D a 3D struktur molekuly. Dále si prakticky vyzkouší vytvoření QSAR modelu, jeho parametrizaci a cross-validaci. A poté se naučí pracovat rovněž s nástroji pro virtuální screening.
Osnova
  • Práce s molekulou: Vyhledání 2D a 3D struktur v databázích molekul, zápis 2D struktury pomocí SMILES, vytvoření 3D struktur na základě 2D struktur, zjišťování geometrických charakteristik, superimpozice molekul
    OSAR modelování: Vytvoření, parametrizace a cross-validace QSAR modelu pro výpočet pKa
    Virtuální screening: Metoda molekulového dokování, skórovací funkce, práce s programem AutoDock
Literatura
  • 3D QSAR in drug design. Edited by Hugo Kubinyi - Gerd Folkers - Yvonne Connolly Martin. Dordrecht: Kluwer Academic Publishers, 1998, vi, 416. ISBN 0792347927. info
Výukové metody
řešení příkladů
Metody hodnocení
písemný test
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2013, jaro 2014, podzim 2014, podzim 2016, podzim 2018, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2023, podzim 2024.